angsd-wrapper: utilities for analysing next-generation sequencing data

High-throughput sequencing heeft vele aspecten van populatiegenetica, moleculaire ecologie en aanverwante gebieden veranderd, en beïnvloedt zowel experimenteel ontwerp als data-analyse. Het softwarepakket angsd stelt gebruikers in staat om een aantal populatiegenetische analyses uit te voeren op high-throughput sequencing data. angsd maakt gebruik van probabilistische benaderingen die direct gebruik kunnen maken van genotype waarschijnlijkheden; SNP-calling is dus niet nodig voor vergelijkende analyses. Dit maakt gebruik van alle sequencing data en geeft meer accurate resultaten voor stalen met lage sequencing diepte. Hier presenteren we angsd-wrapper, een set van wrapper scripts die een gebruikersvriendelijke interface biedt voor het uitvoeren van angsd en het visualiseren van resultaten. angsd-wrapper ondersteunt meerdere soorten analyses, inclusief schattingen van neutraliteitstesten voor nucleotide sequentie diversiteit, principale componenten analyse, schatting van vermenging proporties voor individuele monsters en berekening van statistieken die recente introgressie kwantificeren. angsd-wrapper biedt ook interactieve grafieken van angsd resultaten om het verkennen van gegevens te verbeteren. We demonstreren het nut van angsd-wrapper door het analyseren van resequencing data van populaties van wilde en gedomesticeerde Zea. angsd-wrapper is vrij verkrijgbaar bij https://github.com/mojaveazure/angsd-wrapper.