Download BLAST Software en Databases Documentatie
BLAST+ executables
Heeft u problemen met het uitvoeren van BLAST-zoekopdrachten in grote volumes? Hebt u sequentiegegevens te doorzoeken die uw eigendom zijn en kunt u de NCBI BLAST-website niet gebruiken? Heeft u toegang tot een eigen server? Heeft u uw eigen onderzoekspijplijn? Heeft u veiligheids- of IP bezwaren tegen het versturen van zoekopdrachten buiten uw organisatie? Als u ja hebt geantwoord op een van deze vragen, lees dan verder!
De NCBI biedt een reeks command-line tools om BLAST uit te voeren, genaamd BLAST+. Hiermee kunnen gebruikers BLAST-zoekopdrachten op hun eigen server uitvoeren zonder beperkingen ten aanzien van grootte, volume en database. BLAST+ kan worden gebruikt met een opdrachtregel, zodat het direct in uw workflow kan worden geïntegreerd.
Wat zijn de volgende stappen?
Download en installeer BLAST+. Installateurs en broncode zijn beschikbaar op ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/. Download de databases die je nodig hebt, (zie database sectie hieronder), of maak je eigen database. Begin met zoeken.
Voor meer details, zie de BLAST+ gebruikers handleiding, de BLAST Help handleiding, de BLAST releases notes, en het artikel in BMC Bioinformatics (PubMed link). Zie ons versiebeleid.
De BLAST+ suite is het momenteel ondersteunde pakket. De oudere C toolkit executables worden niet langer ondersteund. Zie ons versiebeleid.
We luisteren altijd en verwelkomen uw feedback op BLAST Support Center.
Magic-BLAST
Magic-BLAST is een hulpmiddel voor het in kaart brengen van grote next-generation RNA of DNA sequencing runs tegen een volledig genoom of transcriptoom. Lees meer over Magic-BLAST op https://ncbi.github.io/magicblast.
Installers en broncode zijn beschikbaar op ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast/LATEST.
IgBLAST
IgBLAST vergemakkelijkt de analyse van immunoglobuline- en T-celreceptor variabele domeinsequenties. Zie voor details de documentatie op https://ncbi.github.io/igblast/ en het artikel in Nucleic Acids Research (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23671333).
Installateurs en broncode zijn beschikbaar op ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/igblast/release/LATEST.
SRPRISM
SRPRISM is een short read alignment tool dat werkt met genomische sequenties en alternatieve loci behandelt. Voor meer informatie, zie ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/srprism/README. Een LINUX executable is beschikbaar onder ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/srprism
Databases
BLAST databases worden dagelijks bijgewerkt en kunnen via FTP worden gedownload vanftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/.Database sets kunnen automatisch worden opgehaald met update_blastdb.pl, dat deel uitmaakt van de BLAST+ suite.Raadpleeg de BLAST database documentatie voor meer details.
De NCBI maakt doorzoekbare collecties van positie-specifieke scoringsmatrices die kunnen worden gebruikt voor gevoelige eiwit en vertaalde nucleotide zoekopdrachten. Deze staan bekend als de Conserved Domain Database en kunnen worden doorzocht met de RPSBLAST en RPSTBLASTN executables die worden gedistribueerd met het BLAST+ pakket. De meest uitgebreide verzameling CDD’s is beschikbaar op ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/little_endian/Cdd_NCBI_LE.tar.gz. Subsets van de uitgebreide verzameling zijn beschikbaar op ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/little_endian/. Documentatie over deze CDD-verzamelingen is beschikbaar op ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/README.