Fiehn Lab – SetupX en BinBase

We hebben een systeem ontwikkeld dat massaspectrometrische en biologische metadata combineert om dit doel te bereiken. Ten eerste maakt het SetupX-systeem het mogelijk biologische metadata in te voeren voor het sturen van laboratoriumworkflows door “klassen” te genereren die experimentele ontwerpen weerspiegelen. Na data acquisitie wordt een relationeel database systeem (BinBase) gebruikt voor geautomatiseerde metaboliet annotatie.

Query BinBase for compounds Dit wss de belangrijkste site om massaspectra te vergelijken op samenstellingsnamen, op BinBase identifiers of zelfs op uw GC/MS spectra die u heeft verkregen op een ander platform! De site geeft ook een overzicht van positieve detectie van metabolieten in de diverse soorten en organen die geanalyseerd zijn in het UC Davis Genome Center (meer dan 15.000 monsters van meer dan 40 soorten). Setup and Annotation of Metabolomic Experiments Onbevooroordeelde metabolomische onderzoeken worden gebruikt voor fysiologische, klinische en genomische studies om genotype-fenotype relaties af te leiden. Herbruikbaarheid op lange termijn van metabolomische gegevens vereist zowel correcte metabolietannotaties als consistente biologische classificaties. Wij hebben een systeem ontwikkeld dat massaspectrometrische en biologische metadata combineert om dit doel te bereiken. A Public Study Design Database for Metabolomic Projects Metabolomische databases zijn nutteloos zonder nauwkeurige beschrijving van de biologische studieopzet en bijbehorende metadata die rapporteren over de laboratoriumworkflow van monstervoorbereiding tot dataverwerking. Hier wordt verslag gedaan van de implementatie van een databasesysteem dat onderzoekers in staat stelt een biologisch experiment in detail te beschrijven en op te zetten, en dat tevens de workflow in het laboratorium stuurt door directe toegang tot het data-acquisitie-instrument. A Public Study Design Database for Metabolomic Projects Metabolomische databases zijn nutteloos zonder nauwkeurige beschrijving van de biologische studieopzet en bijbehorende metadata die rapporteren over de laboratoriumworkflow van monstervoorbereiding tot dataverwerking. Hier rapporteren we over de implementatie van een databasesysteem dat onderzoekers in staat stelt om een biologisch experiment te detailleren en op te zetten, en dat ook de workflow in het laboratorium stuurt door directe toegang tot het data-acquisitie-instrument. BinBase – features, documentaion and FAQ Documentatie van de features, documentatie en FAQ betreffende BinBase Current Progress in computational metabolomics David S.Wishart schreef: “SetupX, ontwikkeld door het Fiehn laboratorium aan de UCD, is een uitstekend voorbeeld van een web-gebaseerd metabolomics LIMS. Het is compatibel met XML en opgebouwd rond een relationele databank. Het is in het bijzonder gericht op het vastleggen en weergeven van GC-MS metabolomics gegevens via zijn metabole annotatie database genaamd BinBase.” SetupX Poster Boston 2008 SetupX Poster getoond op de Boston Metabolomics Conference 2008 BinBase Download de BinBase database systeem download link