Het AP-3 adaptor complex medieert het sorteren van gist en zoogdier PQ-loop-familie basische aminozuurtransporters naar het vacuolaire/lysosomale membraanfamilie basische aminozuurtransporters naar het vacuolaire/lysosomale membraan
Het Ypq1 eiwit kan het vacuolaire membraan bereiken via het ALP of endosomale pad
Nadat we onlangs gemeld hebben dat een Ypq1-GFP fusie-eiwit lokaliseert naar het vacuolaire membraan6, probeerden we te bepalen via welke route Ypq1 dit compartiment bereikt. Vacuolaire membraaneiwitten kunnen de vacuole bereiken via twee verschillende routes: de ALP (alkalische fosfatase) en de CPY (carboxypeptidase Y) route, de laatste waarbij de eiwitten via endosomen passeren (Fig. 2A). Om te testen of Ypq1 de CPY route volgt, onderzochten we zijn intracellulaire distributie in een pep12Δ mutant die een t-SNARE mist die betrokken is bij de fusie van blaasjes met het late endosoom13. In deze mutant werd Ypq1-GFP uitsluitend gevonden in de vacuolaire membraan (Fig. 2B). In een vps27Δ mutant die een component van het endosomale ESCRT-0 complex mist, zijn membraaneiwitten die via endosomen worden getransporteerd typisch gestapeld in duidelijk zichtbare klasse E compartimenten die overeenkomen met abnormaal vergrote endosomen, maar het Ypq1-GFP-eiwit was normaal gericht op de vacuolaire membraan in deze mutant (gegevens niet weergegeven). Deze resultaten tonen aan dat Ypq1 geen functionele CPY-route nodig heeft om de vacuole te bereiken. Vervolgens hebben we getest of Ypq1 de vacuolaire membraan bereikt via de ALP pathway. Het is goed gedocumenteerd dat deze route het AP-3 adaptor complex vereist, waarvan wordt aangenomen dat het actief is in de trans Golgi om ladingseiwitten te sorteren in vesikels die vervolgens samensmelten met de endosomen. Dit complex is een heterotetrameer bestaande uit twee grote subeenheden (β3a en δ), een middelgrote subeenheid (μ3a) en een kleine subeenheid (σ3) en de afwezigheid van een van deze subeenheden resulteert in een gebrekkig AP-3 complex14. Daarom isoleerden wij twee AP-3-deficiënte stammen, apm3Δ (zonder subeenheid μ3a) en apl5Δ (zonder subeenheid δ). In deze mutanten werd Ypq1-GFP gevonden op de vacuolaire membraan en in kleine punctate structuren gemakkelijk gelabeld met FM4-64 en niet waargenomen in wild-type cellen (Fig. 2B). In amp3Δ en apl5Δ mutant cellen ook het tot expressie brengen van een functionele Sec7-mCherry naar de Golgi labelen, een hoog percentage van deze punctaten structuren waren versierd met Sec7-mCherry (Fig. 2C) (voor een kwantificering van de sublokalisatie patronen, zie Supplementary Fig. S1 online). Deze resultaten geven aan dat wanneer de ALP pathway deficiënt is, Ypq1 de neiging heeft te accumuleren in de Golgi terwijl een significante fractie van het eiwit het vacuolaire membraan bereikt via een andere pathway. Om te testen of dit laatste de CPY route is, bepaalden we de locatie van Ypq1-GFP in apm3Δ pep12Δ en apl5Δ pep12Δ dubbele mutanten (Fig. 2B). Interessant is dat de overdracht van Ypq1-GFP naar de vacuole grotendeels was verstoord in deze stammen en dat het eiwit meestal verspreid in het cytosol werd aangetroffen, alsook in punctaten gelabeld met Sec7-mCherry (Fig. 2B,C) (voor een kwantificering van de sublokalisatiepatronen, zie Supplementary Fig. S1 online). De vacuole in deze dubbele mutanten kon normaal gelabeld worden met FM4-64. Deze resultaten tonen aan dat Ypq1 kan worden gesorteerd op de vacuolaire membraan via zowel de ALP en de CPY paden. In wild-type cellen gebruikt het voornamelijk de ALP pathway, maar wanneer deze pathway deficiënt is, verblijft het eiwit langer in de Golgi maar kan het nog steeds efficiënt de vacuolaire membraan bereiken via de CPY pathway. Wanneer zowel de ALP als de CPY pathways deficiënt zijn, is een kleine fractie van Ypq1-GFP detecteerbaar aan het vacuolaire membraan, wat suggereert dat het eiwit nog een andere pathway kan gebruiken, maar één die veel minder efficiënt is in het juist richten van Ypq1 naar de vacuole.
Een zuur dileucinemotief bevordert de sortering van Ypq1 naar het ALP-pad
AP-3-afhankelijke sortering van transmembraaneiwitten wordt vaak gemedieerd door tyrosine-gebaseerde (YXXØ) of dileucine-gebaseerde (XXXL) signalen (waarbij Ø een volumineus hydrofoob residu is en X een willekeurig aminozuur)15. Ypq1 bevat een EQQPLL-sequentie in zijn tweede grote lus die naar het cytosol is gericht. De dileucine van dit motief wordt voorafgegaan door een proline, een kenmerk dat bij verscheidene ladingen via de ALP-keten is waargenomen16. Een dileucine-naar-dialanine substitutiemutant van Ypq1 (Ypq1LL>AA) bleek gericht te zijn op de vacuolaire membraan, maar ook op het versieren van punctaten (Fig. 3A). Dit fenotype lijkt op dat wat is waargenomen voor wild-type Ypq1 in AP-3-deficiënte cellen, wat suggereert dat Ypq1L>AA de vacuole bereikt via de alternatieve CPY-route. Ter ondersteuning van deze visie, Ypq1LL>AA geproduceerd in een pep12Δ mutant kon niet worden gericht op de vacuole en werd gemist in cytosolische punctate structuren zoals waargenomen voor Ypq1 in de apm3Δ pep12Δ en apl5Δ pep12Δ mutanten (Fig. 3A). Deze resultaten tonen aan dat het zure dileucinemotief van Ypq1 vereist is voor zijn AP-3-afhankelijke sortering naar de vacuole, maar niet voor zijn Pep12-afhankelijke aflevering aan de vacuole. Deze conclusies komen overeen met de resultaten van een recente studie van S. Emr en collega’s die tijdens de voorbereiding van dit manuscript is gepubliceerd17. Vervolgens hebben we in meer detail onderzocht hoe de Ypq1LL>AA-variant naar de vacuole wordt getransporteerd. Eerst dachten we dat dit mutante eiwit, omdat het de ALP route niet gebruikt, eerst naar de plasmamembraan zou kunnen worden gemissorteerd voordat het een snelle endocytose ondergaat en vervolgens door Pep12 naar de vacuole membraan wordt getransporteerd. Dit model werd niet ondersteund door onze waarnemingen: het Ypq1LL>AA accumuleerde niet aan het celoppervlak in een end3Δ mutant die defect is in endocytose, wat erop wijst dat het de vacuole bereikt via de CPY-route (Fig. 3B). We stelden vervolgens de hypothese dat levering van Ypq1LL>AA aan de vacuole zijn sortering van de Golgi naar endosomen zou kunnen inhouden dankzij alternatieve adaptors zoals het AP-1 complex of de monomere GGA-eiwitten. We brachten het Ypq1LL>AA mutant eiwit tot expressie in gga1Δ gga2Δ cellen, die de overbodige Gga1 en Gga2 adaptors missen en in amp1Δ, amp2Δ en apl4Δ cellen, die subunits van het AP-1 complex missen. In elk van deze mutanten bleek het eiwit nog steeds de vacuole te bereiken (Fig. 3B). Deze waarnemingen suggereren ofwel dat deze adapters redundant optreden om het sorteren van Ypq1LL>AA naar de vacuole via de CPY-route te bevorderen, ofwel dat andere adapters betrokken zijn.
Ypq2 en Ypq3 ook verkeer naar de vacuole via de ALP pathway, maar ondergaan verschillende lotgevallen wanneer de ALP pathway is niet functioneel
De Ypq2 en Ypq3 eiwitten, zeer vergelijkbaar in volgorde aan Ypq1, ook lokaliseren naar de vacuolaire membraan6 en zowel bevatten ook een zure dileucine in de tweede cytosolische lus. De resultaten van Fig. 4A laten zien dat Ypq2 zich normaal naar de vacuole verplaatst in een pep12Δ mutant. Dit bleek ook waar te zijn in apm3Δ en apl5Δ mutanten die defect zijn in de ALP pathway, waar het bovendien punctate structuren bleek te versieren, een fenotype dat niet werd waargenomen in wild-type cellen. Een groot deel van deze punctate structuren waren ook gelabeld met Sec7-mCherry (Fig. 4B), wat aangeeft dat Ypq2, net als Ypq1, de neiging heeft om te accumuleren in de Golgi wanneer de ALP pathway deficiënt is. In zowel apm3Δ pep12Δ en apl5Δ pep12Δ dubbelmutanten, mislokaliseerde Ypq2 grotendeels naar kleine gepuncteerde cytosolische structuren, waarvan vele waren versierd met Sec7-mCherry, hoewel een fractie van het eiwit goed leek afgeleverd aan de vacuole (Fig. 4A,B) (voor een kwantificering van de sublokalisatiepatronen, zie Supplementary Fig. S2 online). Deze resultaten geven aan dat Ypq2 zich gedraagt als Ypq1 in die zin dat het voornamelijk de ALP route gebruikt om de vacuole te bereiken. Ze tonen ook aan dat wanneer deze route defect is, Ypq2 langer in de Golgi verblijft maar toch aan het vacuolaire membraan kan worden afgeleverd, hoofdzakelijk via de CPY-route.