Human BLAT Search

BLAT op DNA is ontworpen om snel sequenties te vinden met een gelijkenis van 95% of meer en een lengte van 25 basen of meer. Het kan meer afwijkende of kortere sequentie-afstemmingen missen. BLAT op eiwitten vindt sequenties van 80% en meer overeenkomst met een lengte van 20 aminozuren of meer. In de praktijk werkt DNA BLAT goed op primaten, en proteïne BLAT op gewervelde landdieren.

BLAT is niet BLAST. DNA BLAT werkt door het bijhouden van een index van het gehele genomein geheugen. De index bestaat uit alle overlappende 11-mers, getrapt door 5, behalve de sterk in herhalingen verwikkelde. De index neemt ongeveer 2 gigabyte RAM in beslag. Het RAM-geheugen kan verder worden teruggebracht tot minder dan 1 GB door de stapgrootte te verhogen tot 11. Het genoom zelf wordt niet in het geheugen bewaard, zodat BLAT hoge prestaties kan leveren op een redelijk geprijsde Linux-box. De index wordt gebruikt om gebieden van waarschijnlijke homologie te vinden, die vervolgens in het geheugen worden geladen voor een gedetailleerde uitlijning. Eiwit BLAT werkt op een vergelijkbare manier, behalve met 4-mers in plaats van 11-mers. De proteïne index neemt iets meer dan 2 gigabyte in beslag.

BLAT is geschreven door Jim Kent.Zoals de meeste software van Jim is interactief gebruik op deze webserver gratis voor iedereen.Bronnen en uitvoerbare bestanden om batch jobs op je eigen server uit te voeren zijn gratis beschikbaar voor academische, persoonlijke en non-profit doeleinden. Niet-exclusieve commerciële licenties zijn ook beschikbaar. Zie de Kent Informatics website voor details.

Voor meer informatie over de grafische versie van BLAT, klik op de Help knop op de bovenste menubalk of zie de Genome Browser FAQ.