Natural antisense transcription from a comparative perspective☆

Natural antisense transcripts (NATs) kunnen de expressie van complementaire sense transcripts verstoren met een exquise specificiteit. Wij hebben eerder NATs gekloond van Slc34a loci (coderend voor Na-fosfaat transporters) van vissen en muizen. Hier melden we het klonen van een menselijke SLC34A1-gerelateerde NAT die een alternatief gesplict PFN3-transcript (Profilin3) vertegenwoordigt. Het transcript komt voornamelijk tot expressie in de testis. Fylogenetische vergelijking suggereert twee verschillende mechanismen die Slc34a-gerelateerde NATs produceren: Alternatieve splicing van een transcript van een eiwit coderend downstream gen (Pfn3, mens/muis) en transcriptie van de bi-directionele promotor (Rbpja, zebravis). Expressie-analyse suggereerde onafhankelijke regulatie van de complementaire Slc34a mRNAs. Analyse van willekeurig geselecteerde bidirectioneel getranscribeerde humane/muis loci onthulde beperkte fylogenetische conservatie en onafhankelijke regulatie van NATs. Ze waren gereduceerd op X-chromosomen en geclusterd in regio’s die ontsnappen aan inactivatie. Locusstructuur en expressiepatroon suggereren een NAT-geassocieerd regulatiemechanisme in testis dat niet gerelateerd is aan de fysiologische rol van het met een sense transcript gecodeerde eiwit.