On the definition, nomenclature and classification of water channel proteins (aquaporins and relatives)

Een waterkanaal-eiwit (WCP) of waterkanaal kan worden gedefinieerd als een transmembraaneiwit dat een specifieke driedimensionale structuur heeft met een porie die een route biedt voor waterpermeatie over biologische membranen. De porie wordt gevormd door twee sterk geconserveerde gebieden in de aminozuursequentie, NPA-boxen (of motieven) genoemd, met drie aminozuurresiduen (asparagine-proline-alanine, NPA) en verscheidene aminozuren daaromheen. De NPA-boxen worden de “kenmerkende” sequentie van WCP’s genoemd. WCP’s vormen een familie van eiwitten die tot de Membrane Intrinsic Proteins (MIP’s) superfamilie behoren. Daarnaast zijn er in de MIP-superfamilie (met meer dan 1000 leden) ook eiwitten zonder kanaalactiviteit. De WCP-familie omvat drie subfamilies: aquaporines, aquaglyceroporines en S-aquaporines. (1) De aquaporines (AQPs) zijn waterselectieve of specifieke waterkanalen, door diverse auteurs ook wel “orthodoxe”, “gewone”, “conventionele”, “klassieke”, “zuivere”, “normale”, of “sensu strictu” aquaporines genoemd); (2) De aquaglyceroporines zijn permeabel voor water, maar ook voor andere kleine ongeladen moleculen, in het bijzonder glycerol; deze familie omvat de glycerol-facilitators, afgekort als GlpF’s, van glycerolpermease-facilitators. De “kenmerkende” sequentie voor aquaglyceroporines is het asparaginezuurresidu (D) in de tweede NPA-box. (3) De derde subfamilie van WCP’s heeft weinig geconserveerde aminozuur-sequenties rond de NPA-boxen, die niet bij de eerste twee subfamilies kunnen worden ingedeeld. Ik raad aan voor deze subfamilie altijd de naam S-aquaporines te gebruiken. Zij worden ook wel “superaquaporines”, “aquaporines met ongebruikelijke (of afwijkende) NPA-boxen”, “subcellulaire aquaporines”, of “sip-achtige aquaporines” genoemd. Ik raad ook aan om altijd de spelling aquaporin (niet aquaporine) te gebruiken, en, voor verschillende AQPs, de afkorting AQP onmiddellijk gevolgd door het nummer, (b.v. AQP1), zonder spatie of–wat verwarring zou kunnen scheppen met “min”.