Zwarte Bengaalse geit

Het mysterie van het leven van ’s werelds beste en enige ras van de zwarte Bengaalse geit van Bangladesh is onthuld door middel van volledige genoomsequentieanalyse door de “Genomics Research Group” onder leiding van Dr. AMAM Zonaed Siddiki, Professor van de Afdeling Pathologie en Parasitologie, Faculteit Diergeneeskunde van de Chittagong Veterinary and Animal Sciences University (CVASU). De genoomanalyse van de zwarte Bengaalse geit heeft aangetoond dat de omvang van het genoom ongeveer 3,04 gb bedraagt, waarvan ongeveer 31,85% uit herhalingen bestaat. Hoewel wordt voorspeld dat er 26.458 genen in 29 chromosomen zijn, is de annotatie van de genstructuur slechts van 12.589 genen gebeurd. Bovendien werd bij 8173 genen ten minste één ontologieterm gevonden. Momenteel is één van de onderzoekspapers van het project aanvaard en gepubliceerd door het gereputeerde wetenschappelijke tijdschrift BMC van de firma Springer Nature. Een ander deel van het onderzoek is gepubliceerd in Mitochondrial DNA Part B van Taylor and Francis Group, naast alle gegevens die door NCBI zijn erkend. Bovendien werd, terwijl het onderzoek aan de gang was, het abstract voor de eerste keer gepresenteerd in “The 2nd World Conference on Sheep” georganiseerd door de Nanjing Agricultural University. Om het project tot een goed einde te brengen, werden alle leden van het team opgeleid. Voor verdere opleiding werd een van de leden van het team, Masum Billah, naar het Big Data Laboratory van professor Dr. Yu Jiang in de Northwest A&F University van China gestuurd en een ander lid, Kazi Shawrob, werd naar de Mizoram University van India gestuurd. De andere leden van het team waren Mahadia Kumkum, Mohammad Atique Ul Alam, Sourav Saha Pritthi, Montaha Chowdhury, Mehedi Hasan Rumi en Md. Sirajul Islam.

Voor de gegevensanalyse werd een snelle computer met 128 gb RAM geïnstalleerd in CVASU en werd de server van University Grants Commission van Bangladesh gebruikt. Het grootste deel van het onderzoek werd uitgevoerd in Bangladesh, maar voor sommige delen was een zeer geavanceerde server nodig die in Australië werd uitgevoerd door Dr. Abdul Baten van de Southern Cross University.

Hoewel de sequentiebepaling van het volledige genoom van Hilsha en Jute al eerder in Bangladesh werd gedaan, is de genoomgrootte van de Black Bengal Goat het grootst. Genoom is de volledige set genen of genetische opmaak die in een organisme aanwezig is en die nodig is voor geboorte, leven en voortplanting. De genen bevatten alle informatie over het organisme, zoals hoe het is ontstaan en geëvolueerd, wat zijn kenmerken zijn, hoe het groeit en hoe het zichzelf beschermt in ongunstige situaties. Het proces waarbij al deze informatie uit de genen wordt gehaald, wordt genoomsequencing genoemd. Genoomsequencing vertelt over de exacte locatie en functie van de genen die nodig zijn voor verschillende fysiologische activiteiten vanaf de geboorte tot de dood van een organisme.