Affymetrix

CGS oferuje profilowanie całych transkryptów na macierzach płytkowych Affymetrix Gene ST i Clariom S. Macierze są dostępne w formacie 24 lub 96 płytek dla ludzi, myszy, szczurów i licznych modeli. Proszę skorzystać z tego linku, aby uzyskać więcej informacji i zapoznać się z listą dostępnych tablic.

Wielką zaletą tych tablic w porównaniu z innymi jest ich konstrukcja oparta na starannym doborze sond celujących w charakterystyczne eksony, a nie tylko w 3 prime end genu. Ten doskonały projekt tablicy umożliwia pomiar izoform genów, a zatem zapewnia dokładniejszy pomiar poziomów ekspresji genów w całym transkryptomie, w tym niekodującego RNA.

Protokół:

Próbki RNA są amplifikowane przy użyciu zestawu Genechip WT Plus firmy Affymetrix. W skrócie, RNA jest przekształcane w cDNA i amplifikowane przy użyciu mieszanki starterów ukierunkowanych na mRNA poli-A i niepoli-A, generując cRNA znakowane biotyną. CRNA jest następnie hybrydyzowane do tablicy Gene ST, barwione i skanowane przy użyciu Genetitan.

Jeśli ilość lub jakość stanowi problem, używamy zestawu GeneChip WT pico (Affymetrix). Jest to metoda umożliwiająca amplifikację całkowitego RNA już od 100 pg.

.