angsd-wrapper: utilities for analysing next-generation sequencing data

Sekwencjonowanie o dużej wydajności zmieniło wiele aspektów genetyki populacji, ekologii molekularnej i dziedzin pokrewnych, wpływając zarówno na projektowanie eksperymentów, jak i analizę danych. Pakiet oprogramowania angsd pozwala użytkownikom na przeprowadzenie szeregu analiz genetycznych populacji na danych pochodzących z sekwencjonowania o wysokiej przepustowości. angsd wykorzystuje podejście probabilistyczne, które może bezpośrednio wykorzystać prawdopodobieństwa genotypów; w ten sposób wywołanie SNP nie jest wymagane do analiz porównawczych. Wykorzystuje to wszystkie dane sekwencjonowania i daje dokładniejsze wyniki dla próbek o małej głębokości sekwencjonowania. Tutaj prezentujemy angsd-wrapper, zestaw skryptów wrapper, który zapewnia przyjazny dla użytkownika interfejs do uruchamiania angsd i wizualizacji wyników. angsd-wrapper wspiera wiele typów analiz, w tym szacowanie testów neutralności różnorodności sekwencji nukleotydów, analizę głównych składowych, szacowanie proporcji domieszek dla poszczególnych próbek i obliczanie statystyk, które kwantyfikują ostatnią introgresję. angsd-wrapper zapewnia również interaktywne grafowanie wyników angsd, aby ułatwić eksplorację danych. Demonstrujemy użyteczność angsd-wrapper analizując dane resekwencjonowania z populacji dzikich i udomowionych Zea. angsd-wrapper jest dostępny za darmo od https://github.com/mojaveazure/angsd-wrapper.