Data ArticleData for molecular dynamics simulations of B-type cytochrome c oxidase with the Amber force field

Oksydaza cytochromu c (CcO) jest ważnym enzymem, który katalizuje redukcję tlenu cząsteczkowego do wody i pompuje protony przez błony mitochondrialne i bakteryjne. W artykule przedstawiono parametry dla kofaktorów CcO typu ba3, które są kompatybilne z all-atomowymi polami siłowymi Amber ff12SB i ff14SB. W szczególności, parametry zostały opracowane dla pary CuA, hemu b oraz centrum dinuklearnego składającego się z hemu a3 i CuB mostkowanego grupą hydroperoxo. Dane zawierają geometrie w formacie współrzędnych XYZ dla modeli klastrów, które zostały wykorzystane do obliczenia energii przenoszenia protonów i wyprowadzenia parametrów wiązań i ładunków punktowych dla pola siłowego przy użyciu teorii funkcjonałów gęstości. Dołączone są również pliki z parametrami, które mogą być użyte w programie Amber leap do wygenerowania plików wejściowych do symulacji dynamiki molekularnej za pomocą pakietu Amber. W oparciu o wysokorozdzielczą (1.8 Å) strukturę krystaliczną ba3 typu CcO z Thermus thermophilus (numer identyfikacyjny Protein Data Bank PDB: 3S8F), zbudowaliśmy model osadzony w błonie dwuwarstwy lipidowej POPC i solwatowany cząsteczkami wody i przeciwjonami TIP3P. Dostarczamy pliki danych PDB modelu początkowego i modelu zrównowazonego, które mogą być użyte do dalszych badań.