EMBL – European Molecular Biology Laboratory

Informacje o kształcie i konformacji białka, jak również o interakcjach pomiędzy makrocząsteczkami można uzyskać ze współczynników sedymentacji i dyfuzji uzyskanych z eksperymentu prędkości sedymentacji. Współczynniki sedymentacji są szczególnie przydatne do monitorowania zmian w konformacji białka. Uzyskany model ogólnego kształtu białka lub kompleksu białkowego może być porównany z obrazami uzyskanymi za pomocą mikroskopii elektronowej, aby ocenić, na ile obrazy te mają zastosowanie do zachowania tych cząsteczek w roztworze.

Asocjacja

W przeciwieństwie do innych metod badania procesów wiązania, metoda równowagi sedymentacyjnej jest szczególnie przydatna do badania stosunkowo słabych asocjacji o stałych asocjacji (Ka) rzędu 10-100 M-1. Jednakże, również procesy wiązania z wartościami Ka znacznie większymi niż 107 M-1 mogą być badane.

Instrument

Analityczna ultrawirówka, którą posiadamy w EMBL to Beckman Optima XL-A. Urządzenie to wiruje próbkę białka w próżni z kontrolowaną prędkością i temperaturą, jednocześnie rejestrując rozkład stężenia w ustalonym czasie. W zależności od wirnika prędkość może wynosić nawet 60,000 rpm (co odpowiada 250,000 x g). Do pomiarów używane są specjalne kuwety, które są w stanie wytrzymać wysokie pole grawitacyjne i które pozwalają na przejście światła przez próbkę. Próbka rzeczywista umieszczona jest w sektorowej wnęce umieszczonej pomiędzy dwoma kwarcowymi oknami (patrz Rys. 1). Wnęka ta znajduje się w środku wykonanym ze stopu aluminium lub wzmocnionego epoksydu. Komórki dwusektorowe są również wykorzystywane do korygowania absorbancji rozpuszczalnika próbki. Komórki te umożliwiają również pomiar różnic współczynnika sedymentacji oraz współczynników dyfuzji. Centrale mają długość ścieżki od 3 do 12 mm, co w połączeniu z wybieralnymi długościami fal pozwala na badanie szerokiego zakresu stężeń próbek. Aby dowiedzieć się, jak zmontować kuwetę, proszę przejść do protokołu montażu.