Fiehn Lab – SetupX i BinBase
Opracowaliśmy system, który łączy metadane spektrometrii mas i metadane biologiczne, aby osiągnąć ten cel. Po pierwsze, system SetupX umożliwia wprowadzanie metadanych biologicznych do sterowania przepływami pracy w laboratorium poprzez generowanie „klas”, które odzwierciedlają projekty eksperymentów. Po akwizycji danych, system relacyjnej bazy danych (BinBase) jest wykorzystywany do automatycznej anotacji metabolitów.
Query BinBase for compounds To jest główna strona do porównywania widm masowych według nazw związków, identyfikatorów BinBase lub nawet według widm GC/MS, które zostały uzyskane na innej platformie! Strona zawiera również przegląd pozytywnego wykrywania metabolitów w różnorodnych gatunkach i organach analizowanych w UC Davis Genome Center (ponad 15,000 próbek z ponad 40 gatunków) Konfiguracja i anotacja eksperymentów metabolomicznych Bezstronne badania metabolomiczne są wykorzystywane w badaniach fizjologicznych, klinicznych i genomicznych do wnioskowania o relacjach genotyp-fenotyp. Długotrwałe ponowne wykorzystanie danych metabolomicznych wymaga zarówno poprawnej anotacji metabolitów jak i spójnej klasyfikacji biologicznej. Opracowaliśmy system, który łączy spektrometrię mas i metadane biologiczne, aby osiągnąć ten cel. A Public Study Design Database for Metabolomic Projects Metabolomiczne bazy danych są bezużyteczne bez dokładnego opisu projektu badania biologicznego i towarzyszących mu metadanych informujących o przebiegu pracy w laboratorium od przygotowania próbek do przetwarzania danych. W niniejszym raporcie przedstawiamy implementację systemu baz danych, który umożliwia badaczom szczegółowe opisanie i skonfigurowanie eksperymentu biologicznego, a także sterowanie przepływem pracy w laboratorium poprzez bezpośredni dostęp do urządzenia do akwizycji danych. Publiczna baza danych dla projektów metabolomicznych Metabolomiczne bazy danych są bezużyteczne bez dokładnego opisu projektu badania biologicznego i towarzyszących mu metadanych dotyczących przepływu pracy w laboratorium od przygotowania próbki do przetwarzania danych. Poniżej przedstawiamy implementację systemu bazodanowego, który umożliwia badaczom szczegółowy opis i konfigurację eksperymentu biologicznego, a także steruje przepływem pracy w laboratorium poprzez bezpośredni dostęp do urządzenia akwizycji danych. BinBase – cechy, dokumentacja i FAQ Dokumentacja cech, dokumentacja i FAQ dotyczące BinBase Current Progress in computational metabolomics David S. Wishart napisał: „SetupX, opracowany przez laboratorium Fiehn na UCD, jest doskonałym przykładem opartego na sieci internetowej metabolomicznego LIMS. Jest on kompatybilny z XML i zbudowany wokół rdzenia zarządzania relacyjną bazą danych. Jest on szczególnie zorientowany na przechwytywanie i wyświetlanie danych metabolomicznych GC-MS poprzez swoją bazę danych anotacji metabolicznych o nazwie BinBase.” SetupX Poster Boston 2008 SetupX Poster pokazany na Boston Metabolomics Conference 2008 BinBase Pobierz system baz danych BinBase link do pobrania