Human BLAT Search

BLAT on DNA jest zaprojektowany do szybkiego znajdowania sekwencji o 95% i większym podobieństwie o długości 25 lub więcej zasad. Może pominąć bardziej rozbieżne lub krótsze wyrównania sekwencji. BLAT na białkach znajduje sekwencje o 80% i większym podobieństwie o długości 20 lub więcej aminokwasów. W praktyce DNA BLAT działa dobrze na naczelnych, a proteinBLAT na kręgowcach lądowych.

BLAT to nie BLAST. DNA BLAT działa poprzez przechowywanie w pamięci indeksu całego genomu. Indeks ten składa się z wszystkich nakładających się 11-merów stopniowanych przez 5, z wyjątkiem tych, które są silnie zaangażowane w powtórzenia. Indeks ten zajmuje około 2 gigabajtów pamięci RAM. Sam genom nie jest przechowywany w pamięci, dzięki czemu BLAT może zapewnić wysoką wydajność na niedrogim komputerze z systemem Linux. Indeks jest używany do znajdowania obszarów prawdopodobnej homologii, które są następnie ładowane do pamięci w celu szczegółowego wyrównania. Protein BLAT działa w podobny sposób, tyle że z 4-merami, a nie 11-merami. Indeks białek zajmuje nieco ponad 2 gigabajty.

BLAT został napisany przez Jima Kenta.Jak większość oprogramowania Jima, interaktywne użycie na tym serwerze internetowym jest bezpłatne dla wszystkich.Źródła i pliki wykonywalne do uruchamiania zadań wsadowych na Twoim własnym serwerze są dostępne bezpłatnie dla celów akademickich, osobistych i non-profit. Dostępne są również niewyłączne licencje komercyjne. Zobacz stronę internetową Kent Informatics, aby uzyskać szczegółowe informacje.

Aby uzyskać więcej informacji na temat graficznej wersji BLAT, kliknij przycisk Help na górnym pasku menu lub zobacz Genome Browser FAQ.