Identyfikacja genów docelowych BATF krytycznych dla jego funkcji w odpowiedzi immunologicznej

Abstract

BATF, immunospecyficzny czynnik transkrypcyjny AP-1, funkcjonuje razem z IRF4 i JUNB w celu regulacji genów ważnych dla rekombinacji przełącznika klasy przeciwciał (CSR) w komórkach B i dla funkcjonalnego zróżnicowania odrębnych podtypów CD4+ T helper (Th), w tym komórek Th2, Th9, Th17 i Tfh. Myszy BatfΔZ/ΔZ(KO) wykazują fenotypy bezpośrednio związane z niedoborami w wyżej wymienionych typach komórek. W celu określenia zmian w ekspresji genów odpowiedzialnych za te fenotypy, przeprowadzono analizę RNA-seq w celu określenia profilu transkryptów w komórkach B myszy KO w porównaniu z komórkami WT. W analizach bioinformatycznych zidentyfikowano 47 genów, których transkrypty były nadreprezentowane lub niedoreprezentowane w przypadku braku BATF. Wiele z transkryptów, których transkrypcje były nieprawidłowo regulowane w komórkach B KO, było również nieprawidłowo regulowanych w komórkach T KO, co sugeruje, że te geny są wspólnymi celami molekularnymi aktywności transkrypcyjnej BATF. Retrowirusowa reekspresja BATF w komórkach KO doprowadziła do prawidłowej regulacji tych genów docelowych. Co więcej, komórki B KO z rekonstytucją BATF były w stanie przechodzić CSR, a naiwne komórki T CD4+ z reekspresją BATF mogły być różnicowane w podgrupy Th2 i Th17. Obecnie pracujemy nad wykorzystaniem tej strategii ratunkowej z retrowirusami wyrażającymi białka BATF zmodyfikowane pod względem wiązania DNA, dimeryzacji i właściwości transkrypcyjnych, aby lepiej zrozumieć parametry molekularne, które kontrolują sposób, w jaki BATF reguluje zestawy genów w komórkach B i T. Naszym długoterminowym celem jest wykorzystanie regulacji BATF w strategiach in vivo do zarządzania stanem zapalnym i zaburzeniami autoimmunologicznymi.