Method paperAlcanivorax borkumensis produkuje zewnątrzkomórkowy siderofor w warunkach ograniczonego żelaza, utrzymując wydajność degradacji węglowodorów

Obligatne morskie bakterie węglowodoroklastyczne posiadają cechy genetyczne i fizjologiczne pozwalające im na wykorzystywanie węglowodorów jako jedynego źródła węgla i konkurowanie o pobór składników odżywczych w siedliskach morskich zwykle ubogich w składniki odżywcze. W niniejszej pracy badaliśmy oparte na sideroforach systemy wychwytu żelaza u Alcanivorax borkumensis SK2 i ich funkcjonowanie podczas biodegradacji węglowodoru alifatycznego, tetradekanu, w warunkach ograniczenia żelaza. Analiza antySMASH genomu SK2 wykazała obecność dwóch różnych operonów syntetazy sideroforowej. Poszukiwanie przewidywanych struktur rdzenia wskazało, że jeden z sideroforów jest wyraźnie związany z rodziną złożonych oligopeptydowych sideroforów posiadających motyw karboksylowy Orn-Ser-Orn, podczas gdy drugi prawdopodobnie należy do rodziny sideroforów opartych na SA (kwasie salicylowym).

Analizując supernatant z hodowli SK2 zidentyfikowano pozakomórkowy siderofor i określono jego strukturę. Tak więc, wraz z niedawno opisanym amfifilowym tetrapeptydowym sideroforem amfibaktynowym związanym z błoną, szczep SK2 wytwarza dodatkowo zewnątrzkomórkowy typ cząsteczki chelatującej żelazo, o strukturalnym podobieństwie do pseudomonin. Analiza porównawcza Q-PCR syntaz sideroforowych wykazała ich znaczną ekspresję w podłożu pozbawionym żelaza. Odmienne wzorce ekspresji odnotowano dla dwóch operonów podczas wczesnej i późnej fazy wykładniczej wzrostu, co sugeruje odmienną funkcję tych dwóch sideroforów w warunkach zubożenia żelaza.

.