Pobierz oprogramowanie BLAST i bazy danych Dokumentacja
BLAST+ executables
Czy masz trudności z przeprowadzaniem wysokonakładowych wyszukiwań BLAST? Czy masz własne dane sekwencji do przeszukania i nie możesz użyć strony NCBI BLAST? Czy masz dostęp do własnego serwera? Czy posiadasz własny potok badawczy? Czy masz obawy dotyczące bezpieczeństwa lub własności intelektualnej związane z wysyłaniem wyszukiwań poza Twoją organizację? Jeśli odpowiedziałeś „tak” na którekolwiek z tych pytań, czytaj dalej!
NCBI dostarcza zestaw narzędzi wiersza poleceń do uruchamiania BLAST o nazwie BLAST+. Pozwala to użytkownikom na wykonywanie wyszukiwań BLAST na ich własnym serwerze bez ograniczeń rozmiaru, objętości i bazy danych. BLAST+ może być używany z wiersza poleceń, więc może być zintegrowany bezpośrednio z przepływem pracy.
Jakie są następne kroki?
Ściągnij i zainstaluj BLAST+. Instalatory i kod źródłowy są dostępne na stronie ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/. Pobierz bazy danych, których potrzebujesz (zobacz sekcję bazy danych poniżej), lub utwórz własne. Rozpocznij wyszukiwanie.
Więcej szczegółów można znaleźć w podręczniku użytkownika BLAST+, podręczniku BLAST Help, uwagach do wydania BLAST i artykule w BMC Bioinformatics (link PubMed). Zobacz naszą politykę wersjonowania.
Zestaw BLAST+ jest obecnie obsługiwanym pakietem. Starsze pakiety wykonywalne zestawu narzędzi C nie są już obsługiwane. Zobacz naszą politykę wersjonowania.
Zawsze słuchamy i witamy Twoje opinie w BLAST Support Center.
Magic-BLAST
Magic-BLAST jest narzędziem do mapowania dużych badań sekwencjonowania następnej generacji RNA lub DNA względem całego genomu lub transkryptomu. Więcej o Magic-BLAST można przeczytać na stronie https://ncbi.github.io/magicblast.
Instalatory i kod źródłowy są dostępne pod adresem ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast/LATEST.
IgBLAST
IgBLAST ułatwia analizę sekwencji zmiennych domen immunoglobulin i receptorów komórek T. Szczegółowe informacje można znaleźć w dokumentacji na stronie https://ncbi.github.io/igblast/ oraz w artykule w Nucleic Acids Research (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23671333).
Instalatory i kod źródłowy są dostępne na stronie ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/igblast/release/LATEST.
SRPRISM
SRPRISM jest narzędziem do wyrównywania krótkich odczytów, które pracuje z sekwencjami genomowymi i obsługuje alternatywne loci. Aby uzyskać więcej informacji, zobacz ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/srprism/README. A LINUX executable is available under ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/srprism
Bazy danych
Bazy danych BLAST są aktualizowane codziennie i mogą być pobierane przez FTP zftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/.Database zestawy mogą być pobierane automatycznie za pomocą update_blastdb.pl, który jest częścią pakietu BLAST+.Proszę odnieść się do dokumentacji bazy danych BLAST po więcej szczegółów.
NCBI udostępnia do przeszukiwania kolekcję matryc punktacji specyficznych dla pozycji, które mogą być używane do wyszukiwania wrażliwych białek i przetłumaczonych nukleotydów. Są one znane jako Conserved Domain Database i mogą być przeszukiwane za pomocą programów wykonawczych RPSBLAST i RPSTBLASTN rozprowadzanych z pakietem BLAST+. Najbardziej wszechstronna kolekcja CDD jest dostępna pod adresem ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/little_endian/Cdd_NCBI_LE.tar.gz. Podzbiory kompleksowej kolekcji są dostępne pod adresem ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/little_endian/. Dokumentacja dotycząca tych kolekcji CDD jest dostępna pod adresem ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/README.
.