angsd-wrapper: utilitários para análise de dados de sequenciamento de próxima geração

O sequenciamento de alto rendimento alterou muitos aspectos da genética populacional, ecologia molecular e campos relacionados, afetando tanto o desenho experimental quanto a análise de dados. O pacote de software angsd permite aos usuários realizar uma série de análises genéticas populacionais em dados de seqüenciamento de alto rendimento. angsd utiliza abordagens probabilísticas que podem fazer uso direto das probabilidades genotípicas; assim, a chamada SNP não é necessária para análises comparativas. Isso aproveita todos os dados de seqüenciamento e produz resultados mais precisos para amostras com baixa profundidade de seqüenciamento. Aqui, apresentamos o angsd-wrapper, um conjunto de scripts de invólucro que fornece uma interface amigável para executar angsd e visualizar resultados. angsd-wrapper suporta múltiplos tipos de análises, incluindo estimativas de testes de neutralidade de diversidade de seqüências de nucleotídeos, análise de componentes principais, estimativa de proporções de mistura para amostras individuais e cálculo de estatísticas que quantificam a introgressão recente. angsd-wrapper também fornece gráficos interativos de resultados angsd para melhorar a exploração de dados. Nós demonstramos a utilidade do angsd-wrapper analisando dados de ressequenciamento de populações de Zea selvagem e domesticada. angsd-wrapper está disponível gratuitamente a partir de https://github.com/mojaveazure/angsd-wrapper.