Download do Software BLAST e Documentação de Bases de Dados

BLAST+ executáveis

Você tem dificuldades para executar pesquisas de alto volume BLAST? Você tem dados sequenciais proprietários para pesquisar e não pode usar o site do NCBI BLAST? Você tem acesso ao seu próprio servidor? Você tem o seu próprio pipeline de pesquisa? Você tem preocupações de segurança ou de IP sobre o envio de pesquisas fora da sua organização? Se você respondeu sim a qualquer uma destas perguntas, continue lendo!

O NCBI fornece um conjunto de ferramentas de linha de comando para executar BLAST chamado BLAST+. Isto permite aos utilizadores efectuar pesquisas BLAST no seu próprio servidor sem restrições de tamanho, volume e base de dados. O BLAST+ pode ser usado com uma linha de comando para que possa ser integrado directamente no seu fluxo de trabalho.

Quais são os próximos passos?

Download e instale o BLAST+. Os instaladores e o código fonte estão disponíveis em ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/. Baixe as bases de dados que você precisa, (veja a seção de bases de dados abaixo), ou crie a sua própria. Comece a procurar.

Para mais detalhes, consulte o manual do utilizador BLAST+, o manual de ajuda BLAST, o BLAST lança notas e o artigo no BMC Bioinformática (link PubMed). Veja a nossa política de versões.

O pacote BLAST+ é o pacote atualmente suportado. Os executáveis mais antigos do conjunto de ferramentas C não são mais suportados. Veja nossa política de versionamento.

Estamos sempre ouvindo e agradecemos seu feedback no Centro de Suporte BLAST.

Magic-BLAST

Magic-BLAST é uma ferramenta para mapear grandes sequências de RNA ou DNA da próxima geração executadas contra todo um genoma ou transcriptoma. Leia mais sobre Magic-BLAST em https://ncbi.github.io/magicblast.

Installers e código fonte estão disponíveis em ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast/LATEST.

IgBLAST

IgBLAST facilita a análise da imunoglobulina e sequências de domínio variável do receptor de células T. Para detalhes por favor veja a documentação em https://ncbi.github.io/igblast/ e o artigo em Nucleic Acids Research (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23671333).

Installers and source code are available from ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/igblast/release/LATEST.

SRPRISM

SRPRISM é uma pequena ferramenta de alinhamento de leitura que trabalha com sequências genómicas e lida com loci alternativos. Para mais informações, consulte ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/srprism/README. Um executável LINUX está disponível em ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/srprism

Bases de dados

Bases de dados LINUX são actualizadas diariamente e podem ser descarregadas via FTP a partir de conjuntosftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/.Database podem ser recuperadas automaticamente com update_blastdb.pl, que faz parte da suite BLAST+. Consulte a documentação da base de dados BLAST para mais detalhes.

O NCBI faz uma colecção pesquisável de matrizes de pontuação específicas da posição que podem ser utilizadas para pesquisas de proteínas sensíveis e nucleótidos traduzidos. Estas são conhecidas como a Base de Dados de Domínios Conservados e podem ser pesquisadas com os executáveis RPSBLAST e RPSTBLASTN distribuídos com o pacote BLAST+. A coleção mais abrangente de CDD’s está disponível em ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/little_endian/Cdd_NCBI_LE.tar.gz. Os subconjuntos da coleção completa estão disponíveis em ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/little_endian/. A documentação sobre estas coleções de CDD está disponível em ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/README.