Affymetrix

CGS oferă profilarea transcriptului integral pe matrițele de plăci Affymetrix Gene ST și Clariom S. Matricile sunt disponibile în format de 24 sau 96 de plăci pentru modele umane, de șoarece, de șobolan și numeroase modele. Vă rugăm să urmați acest link pentru mai multe informații și lista matricelor disponibile.

Marele puncte forte ale acestor matrici față de altele este designul lor bazat pe o selecție atentă a sondelor care vizează exoni caracteristici, mai degrabă decât doar capătul 3 prim al unei gene. Acest design superior al matricei permite măsurarea izoformelor genice și, prin urmare, vă oferă o măsurare mai precisă a nivelurilor de expresie a genelor pe întregul transcriptom, inclusiv ARN necodificator.

Protocol:

Eșantioanele de ARN sunt amplificate cu ajutorul kitului Genechip WT Plus de la Affymetrix. Pe scurt, ARN-ul este convertit în ADNc și amplificat folosind un amestec de primeri pentru a ținti ARNm poliA și non-polyA, generând ARNc marcat cu biotină. ARNc este apoi hibridizat pe matricea Gene ST, colorat și scanat cu ajutorul Genetitan.

Dacă cantitatea sau calitatea reprezintă o problemă, folosim kitul GeneChip WT pico (Affymetrix). Aceasta este o metodă de amplificare a ARN-ului total de la doar 100 pg.

.