angsd-wrapper: utilități pentru analiza datelor de secvențiere de generație următoare

Secvențierea de mare capacitate a schimbat multe aspecte ale geneticii populațiilor, ale ecologiei moleculare și ale domeniilor conexe, afectând atât proiectarea experimentală, cât și analiza datelor. Pachetul software angsd permite utilizatorilor să efectueze o serie de analize de genetică populațională pe date de secvențiere de mare randament. angsd utilizează abordări probabilistice care pot utiliza direct probabilitățile genotipurilor; astfel, nu este necesară apelarea SNP pentru analizele comparative. Astfel, se profită de toate datele de secvențiere și se obțin rezultate mai precise pentru eșantioanele cu adâncime de secvențiere redusă. Aici, prezentăm angsd-wrapper, un set de scripturi wrapper care oferă o interfață prietenoasă pentru rularea angsd și vizualizarea rezultatelor. angsd-wrapper suportă mai multe tipuri de analize, inclusiv estimări ale testelor de neutralitate a diversității secvenței de nucleotide, analiza componentelor principale, estimarea proporțiilor de amestec pentru eșantioane individuale și calcularea statisticilor care cuantifică introgresia recentă. angsd-wrapper oferă, de asemenea, o grafică interactivă a rezultatelor angsd pentru a îmbunătăți explorarea datelor. Demonstrăm utilitatea angsd-wrapper prin analizarea datelor de resecvențiere din populațiile de Zea sălbatic și domesticit. angsd-wrapper este disponibil gratuit la adresa https://github.com/mojaveazure/angsd-wrapper.