Arabinogalactan
Extremitatea reducătoare a arabinogalactanului microbian constă în secvența terminală →5)-D-Galf-(1→4)-L-Rhap-(1→3)-D-GlcNAc. În cadrul grupului funcțional al peptidoglicanului se găsește, de asemenea, un muramil-6-P. Micolilarabinogalactanul din micobacterii este atașat de peptidoglican prin puntea diglicozilfosforil specifică actinomicetelor, L-Rhap-(1→3)-D-GlcNAc-(1→P).
Arabinogalactanul conține un lanț galactan, cu reziduuri β-D-galactofuranosil (Galf) legate de 5 și β-D-Galf legate de 6, alternativ. Lanțurile de arabinan sunt atașate la C-5 al unora dintre reziduurile Galf cu 6 legături. Există trei domenii structurale majore pentru arabinan. Primul este un domeniu format din reziduuri α-D-Araf liniare cu 5 legături. Al doilea este un domeniu cu resturi α-D-Araf ramificate cu 3,5 legături, substituite cu unități α-D-Araf cu 5 legături în ambele poziții ramificate, iar al treilea este un domeniu terminal nereducător pentru arabinanul final, format dintr-un rest α-D-Araf cu 3,5 legături, substituit în ambele poziții ramificate cu dizaharida β-D Araf-(1→2)- α-D-Araf. Aceste trei lanțuri de arabinan sunt atașate de galactan la reziduurile 8, 10 și 12.
Extremul nereducător al arabinogalactanului este atașat covalent de acizii micolici ai membranei externe. Hidrofobicitatea acizilor micolici reprezintă o barieră în calea intrării medicamentelor. În plus, peptidoglicanul arabinogalactan micolil arabinogalactan este responsabil de anumite aspecte ale patogenezei bolilor și de o mare parte din răspunsul anticorpilor în infecții. Substituenții micolilici sunt distribuiți selectiv și în mod egal pe funcțiile 5-hidroxil ale reziduurilor Araf terminale și ale penultimului reziduu cu 2 legături. Reziduurile micolilice sunt grupate în grupuri de patru pe unitatea pentaarabinosilică terminală nereducătoare (β-Araf-(1→2)-α-Araf)2-3,5-α-Araf . Astfel, majoritatea (66%) unităților pentaarabinosilice sunt substituite de acizi micolici, lăsând minoritatea (33%) disponibilă pentru interacțiunea cu sistemul imunitar.
Aproximativ unul dintre cele trei lanțuri arabinosilice atașate lanțului galactanic conține grupe succinil. Deși o grupare succinil este cea mai frecventă, pe oligoarabinani se pot găsi până la trei grupări succinil pe fragmentul de arabinan eliberat. Cu toate acestea, fragmentele de arabinan substituite cu GalNH2 nu sunt succinilate. Este important de menționat că, în cazul M. tuberculosis și, cel mai probabil, în toate organismele cu creștere lentă, atât sarcina pozitivă (GalNH2 protonat ca GalNH3+), cât și sarcina negativă (succinil) sunt prezente în regiunile medii ale arabinanului, în special la O-2 din unitățile interne 3,5-α-D-Araf. Reziduurile succinilice se află pe lanțul nemikolilat. Recent, a fost propus un model primar complet al arabinogalactanului.
.