Articol de dateDate pentru simulări de dinamică moleculară ale citocromului c oxidază de tip B cu câmpul de forță Amber

Citocromul c oxidază (CcO) este o enzimă vitală care catalizează reducerea oxigenului molecular în apă și pompează protoni prin membranele mitocondriale și bacteriene. Acest articol prezintă parametrii pentru cofactorii CcO de tip ba3 care sunt compatibili cu câmpurile de forță Amber ff12SB și ff14SB all-atom Amber ff12SB. În mod specific, au fost elaborați parametri pentru perechea CuA, hema b și centrul dinuclear care constă din hema a3 și CuB, care sunt legate prin punte de un grup hidroperoxo. Datele includ geometrii în format de coordonate XYZ pentru modelele de clustere care au fost utilizate pentru a calcula energiile de transfer de protoni și pentru a deriva parametrii de legătură și sarcinile punctiforme pentru câmpul de forță folosind teoria funcțională a densității. De asemenea, sunt incluse și fișierele de parametri finali care pot fi utilizate cu programul Amber leap pentru a genera fișiere de intrare pentru simulări de dinamică moleculară cu pachetul software Amber. Pe baza structurii cristaline cu raze X de înaltă rezoluție (1,8 Å) a CcO de tip ba3 de la Thermus thermophilus (numărul de identificare al băncii de date a proteinelor PDB: 3S8F), am construit un model care este încorporat într-o membrană bistratificată cu lipide POPC și solubilizat cu molecule de apă și contraioni TIP3P. Furnizăm fișiere de date PDB ale modelului inițial și ale modelului echilibrat care pot fi utilizate pentru studii ulterioare.

.