Cu privire la definiția, nomenclatura și clasificarea proteinelor canal de apă (aquaporine și rude)

O proteină canal de apă (WCP) sau un canal de apă poate fi definită ca o proteină transmembranară care are o structură tridimensională specifică cu un por care oferă o cale pentru permeabilitatea apei prin membranele biologice. Porul este format din două regiuni foarte bine conservate în secvența de aminoacizi, numite cutii NPA (sau motive) cu trei reziduuri de aminoacizi (asparagină-prolină-alanină, NPA) și mai mulți aminoacizi înconjurători. Cutiile NPA au fost numite secvența „semnătură” a WCP-urilor. WCPs sunt o familie de proteine aparținând superfamiliei Membrane Intrinsic Proteins (MIPs). În plus, în superfamilia MIP (cu mai mult de 1000 de membri) există și proteine fără activitate de canal. Familia MCP include trei subfamilii: aquaporine, aquagliceroporine și S-aquaporine. (1) Acquaporinele (AQP) sunt canale selective sau specifice apei, denumite de diverși autori și „ortodoxe”, „obișnuite”, „convenționale”, „clasice”, „pure”, „normale” sau „sensu strictu” aquaporine); (2) Acvaceroporinele sunt permeabile la apă, dar și la alte molecule mici neîncărcate, în special glicerol; această familie include facilitatorii de glicerol, abreviat GlpFs, de la glycerol permease facilitators. Secvența „semnătură” pentru aquagliceroporine este reprezentată de reziduul de acid aspartic (D) din a doua casetă NPA. (3) Cea de-a treia subfamilie de WCP-uri are secvențe de aminoacizi puțin conservate în jurul casetelor NPA, neclasificabile la primele două subfamilii. Recomand să se utilizeze întotdeauna pentru această subfamilie denumirea de Sequaporine. Acestea mai sunt denumite și „superaquaporine”, „aquaporine cu cutii NPA neobișnuite (sau deviate)”, „aquaporine subcelulare” sau „aquaporine de tip sip”. De asemenea, recomand să se folosească întotdeauna ortografia aquaporin (nu aquaporine) și, pentru diferitele AQP, abrevierea AQP urmată imediat de număr, (de exemplu, AQP1), fără spațiu sau – ceea ce ar putea crea confuzii cu „minus”.