Descărcați software-ul BLAST și documentația bazelor de date

Executabile BLAST+

Aveți dificultăți în efectuarea de căutări BLAST de volum mare? Aveți date de secvență proprietare de căutat și nu puteți utiliza site-ul web NCBI BLAST? Aveți acces la propriul dvs. server? Aveți propriul dvs. pipeline de cercetare? Aveți probleme de securitate sau de proprietate intelectuală în legătură cu trimiterea de căutări în afara organizației dumneavoastră? Dacă ați răspuns afirmativ la oricare dintre aceste întrebări, citiți mai departe!

NNCBI oferă o suită de instrumente de linie de comandă pentru a rula BLAST numită BLAST+. Aceasta permite utilizatorilor să efectueze căutări BLAST pe propriul server fără restricții de dimensiune, volum și bază de date. BLAST+ poate fi utilizat cu o linie de comandă, astfel încât poate fi integrat direct în fluxul de lucru.

Care sunt următorii pași?

Descărcați și instalați BLAST+. Instalatoarele și codul sursă sunt disponibile la ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/. Descărcați bazele de date de care aveți nevoie,(a se vedea secțiunea de baze de date de mai jos), sau creați-vă propriile baze de date. Începeți căutarea.

Pentru mai multe detalii, consultați manualul de utilizare BLAST+, manualul de ajutor BLAST, notele de lansare BLAST și articolul din BMC Bioinformatics (link PubMed). Consultați politica noastră de versiuni.

Suită BLAST+ este pachetul susținut în prezent. Executabilele mai vechi ale setului de instrumente C nu mai sunt acceptate. Consultați politica noastră de versiuni.

Suntem mereu atenți și vă invităm să ne transmiteți feedback-ul la BLAST Support Center.

Magic-BLAST

Magic-BLAST este un instrument pentru cartografierea secvențelor mari de secvențiere a ARN sau ADN de generație următoare față de un întreg genom sau transcriptom. Citiți mai multe despre Magic-BLAST la https://ncbi.github.io/magicblast.

Instalațiile și codul sursă sunt disponibile la ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast/LATEST.

IgBLAST

IgBLAST facilitează analiza secvențelor de domenii variabile ale imunoglobulinelor și ale receptorilor de celule T. Pentru detalii, vă rugăm să consultați documentația de la https://ncbi.github.io/igblast/ și articolul din Nucleic Acids Research (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23671333).

Instalațiile și codul sursă sunt disponibile la ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/igblast/release/LATEST.

SRPRISM

SRPRISM este un instrument de aliniere a citirilor scurte care lucrează cu secvențe genomice și gestionează loci alternativi. Pentru mai multe informații, consultați ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/srprism/README. Un executabil LINUX este disponibil la adresa ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/srprism

Baze de date

Bazele de date BLAST sunt actualizate zilnic și pot fi descărcate prin FTP de la adresaftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/.Database seturile pot fi recuperate automat cu update_blastdb.pl, care face parte din suita BLAST+. Pentru mai multe detalii, vă rugăm să consultați documentația bazei de date BLAST.

NCCBI face colecții consultabile de matrici de punctaj specifice poziției, care pot fi utilizate pentru căutări sensibile de proteine și nucleotide traduse. Acestea sunt cunoscute sub numele de Conserved Domain Database și pot fi căutate cu ajutorul executabilelor RPSBLAST și RPSTBLASTN distribuite împreună cu pachetul BLAST+. Cea mai cuprinzătoare colecție de CDD-uri este disponibilă la ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/little_endian/Cdd_NCBI_LE.tar.gz. Subseturi ale colecției complete sunt disponibile la ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/little_endian/. Documentația privind aceste colecții de CDD-uri este disponibilă la ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/README.

.