EMBL – European Molecular Biology Laboratory
Informații despre forma și conformația unei proteine, precum și despre interacțiunea dintre macromolecule pot fi obținute din coeficienții de sedimentare și difuzie obținuți în urma unui experiment de viteză de sedimentare. Coeficienții de sedimentare sunt deosebit de utili pentru monitorizarea modificărilor de conformație ale unei proteine. Modelul rezultat pentru forma generală a proteinei sau a complexului proteic poate fi comparat cu imaginile obținute prin microscopie electronică pentru a evalua cât de aplicabile sunt aceste imagini la comportamentul acestor particule în soluție.
Asociații
În comparație cu alte metode pentru studiul proceselor de legare, metoda echilibrului de sedimentare este deosebit de sensibilă pentru studiul asociațiilor relativ slabe, cu constante de asociere (Ka) de ordinul a 10-100 M-1. Cu toate acestea, pot fi studiate și procesele de legare cu valori Ka semnificativ mai mari de 107 M-1.
The Instrument
Ultracentrifuga analitică pe care o avem la EMBL este o Beckman Optima XL-A. Instrumentul învârte proba de proteină în vid la o viteză și o temperatură controlate, înregistrând în același timp, la momente stabilite, distribuția concentrației. În funcție de rotor, viteza poate fi de până la 60.000 rpm (ceea ce este echivalent cu 250.000 x g). Pentru măsurători se folosesc celule speciale pentru a rezista la câmpul gravitațional ridicat și care permit trecerea luminii prin eșantion. Eșantionul propriu-zis este plasat într-o cavitate în formă de sector intercalată între două ferestre de cuarț (a se vedea figura 1). Această cavitate este amplasată într-o piesă centrală din aliaj de aluminiu sau epoxidic armat. Celulele cu sectoare duble sunt, de asemenea, utilizate pentru a putea corecta absorbția solventului probei. Aceste celule permit, de asemenea, măsurarea diferențelor de coeficient de sedimentare și a coeficienților de difuzie. Piesele centrale au o lungime de 3 până la 12 mm, ceea ce, combinat cu lungimi de undă selectabile, permite examinarea unei game largi de concentrații ale probei. Pentru a afla cum se asamblează o celulă, vă rugăm să accesați Protocolul de asamblare.
.