Fiehn Lab – SetupX și BinBase

Am dezvoltat un sistem care combină metadatele spectrometrice de masă și biologice pentru a atinge acest obiectiv. În primul rând, sistemul SetupX permite introducerea metadatelor biologice pentru direcționarea fluxurilor de lucru din laborator prin generarea de „clase” care reflectă proiectele experimentale. După achiziția datelor, un sistem de baze de date relaționale (BinBase) este utilizat pentru adnotarea automată a metaboliților.

Interogare BinBase pentru compuși Acesta este site-ul principal pentru a compara spectrele de masă după numele compușilor, după identificatorii BinBase sau chiar după spectrele dvs. GC/MS pe care le-ați achiziționat pe o altă platformă! Site-ul oferă, de asemenea, o prezentare generală despre detectarea pozitivă a metaboliților în setul divers de specii și organe analizate la UC Davis Genome Center (peste 15 000 de probe din peste 40 de specii) Configurarea și adnotarea experimentelor metabolomice Studiile metabolomice imparțiale sunt utilizate pentru studii fiziologice, clinice și genomice pentru a deduce relațiile genotip-fenotip. Reutilizarea pe termen lung a datelor metabolomice necesită atât adnotări corecte ale metaboliților, cât și clasificări biologice coerente. Am dezvoltat un sistem care combină metadatele spectrometrice de masă și biologice pentru a atinge acest obiectiv. O bază de date publică de proiectare a studiilor pentru proiectele metabolomice Bazele de date metabolomice sunt inutile fără o descriere exactă a proiectării studiului biologic și a metadatelor însoțitoare care să raporteze fluxul de lucru din laborator, de la pregătirea probelor până la prelucrarea datelor. În cele ce urmează, prezentăm un raport privind implementarea unui sistem de baze de date care permite investigatorilor să detalieze și să configureze un experiment biologic și care, de asemenea, dirijează fluxurile de lucru din laborator prin acces direct la instrumentul de achiziție a datelor. O bază de date publică de proiectare a studiilor pentru proiectele metabolomice Bazele de date metabolomice sunt inutile fără o descriere precisă a proiectării studiului biologic și fără metadate însoțitoare care să raporteze fluxul de lucru în laborator, de la pregătirea probelor până la prelucrarea datelor. Prezentăm aici un raport despre implementarea unui sistem de baze de date care permite investigatorilor să detalieze și să configureze un experiment biologic și care, de asemenea, dirijează fluxurile de lucru din laborator prin acces direct la instrumentul de achiziție a datelor. BinBase – caracteristici, documentație și întrebări frecvente Documentație privind caracteristicile, documentația și întrebările frecvente referitoare la BinBase Progrese actuale în metabolomica computațională David S.Wishart a scris: „SetupX, dezvoltat de laboratorul Fiehn de la UCD, este un exemplu excelent de LIMS metabolomic bazat pe web. Este compatibil XML și este construit în jurul unui nucleu de gestionare a bazei de date relaționale. Este orientat în special spre capturarea și afișarea datelor metabolomice GC-MS prin intermediul bazei sale de date de adnotare metabolică numită BinBase.” Afișul SetupX Boston 2008 Afișul SetupX prezentat la Conferința de Metabolomică de la Boston 2008 BinBase Descărcați link-ul de descărcare a sistemului de baze de date BinBase