Human BLAT Search

BLAT pe ADN este conceput pentru a găsi rapid secvențe cu o similaritate de 95% și mai mare, cu o lungime de 25 de baze sau mai mult. Este posibil să rateze alinieri de secvențe mai divergente sau mai scurte. Va găsi potriviri perfecte de secvențe de 20 de baze.BLAT pe proteine găsește secvențe cu o similaritate de 80% și mai mare, cu o lungime de 20 de aminoacizi sau mai mult. În practică, DNA BLAT funcționează bine pe primate, iar proteinBLAT pe vertebrate terestre.

BLAT nu este BLAST. DNA BLAT funcționează prin păstrarea în memorie a unui index al întregului genom. Indexul constă din toate suprapunerile 11-meri pas cu pas de 5, cu excepția celor puternic implicați în repetiții. Indexul ocupă aproximativ 2 gigaocteți de memorie RAM. RAM poate fi redusă și mai mult la mai puțin de 1 GB prin creșterea dimensiunii pasului la 11. Genomul în sine nu este păstrat în memorie, ceea ce permite BLAT să ofere performanțe ridicate pe o cutie Linux cu un preț rezonabil.Indexul este utilizat pentru a găsi zone de homologie probabilă, care sunt apoi încărcate în memorie pentru o aliniere detaliată. Protein BLAT funcționează într-un mod similar, cu excepția cazului în care se utilizează 4 meri în loc de 11 meri. Indexul proteinelor ocupă puțin mai mult de 2 gigaocteți.

BLAT a fost scris de Jim Kent.La fel ca majoritatea programelor lui Jim, utilizarea interactivă pe acest server web este gratuită pentru toți.Sursele și executabilele pentru a rula lucrări pe loturi pe propriul server sunt disponibile gratuitpentru scopuri academice, personale și non-profit. De asemenea, sunt disponibile licențe comerciale neexclusive. Consultați site-ul Kent Informaticswebsite pentru detalii.

Pentru mai multe informații despre versiunea grafică a BLAT, faceți clic pe butonul Help din bara de meniu de sus sau consultați FAQ Genome Browser.