Proximity-Labeling MS (APEX-MS)

Pentru această abordare, proteina de interes este fuzionată cu o peroxidază (peroxidază de acid ascorbic; APEX). În urma tratamentului cu H2O2, APEX transformă biotina-fenolul furnizat exogen în radicali biotină-fenoxil, ceea ce duce la o etichetare covalentă a proteinei pe o rază de 20nm. Ulterior, proteinele biotinilate sunt îmbogățite cu ajutorul Steptavidinei. Această tehnologie permite pentru prima dată să se realizeze „instantanee” ale mediilor proteice locale la un moment dat și să se capteze interacțiunile proteice tranzitorii. Abordările de etichetare bazate pe proximitate au avansat rapid în ultimii ani și s-a demonstrat că oferă rezultate complementare metodelor tradiționale de purificare bazate pe afinitate (AP-MS), având astfel potențialul de a deschide căi de cercetare cu totul noi și de a oferi informații noi despre funcțiile proteinelor.

APEX a fost utilizat pentru a capta proteomii întregi de organite cu o rezoluție temporală ridicată, dar se consideră, în general, că amploarea etichetării sale exclude rezoluția spațială mai mare necesară pentru a interoga rețele proteice specifice. Am oferit recent o soluție la această problemă prin combinarea proteomicii cantitative cu un sistem de referințe spațiale. Această metodă nouă ne permite să rezolvăm parteneri de legare cunoscuți, precum și componente de rețea neidentificate anterior, așa cum s-a demonstrat recent într-un studiu de validare a principiului care interoghează proteinele angajate de receptorii cuplați cu proteina G în timp ce aceștia semnalizează și circulă în mod dinamic ca răspuns la activarea indusă de ligand.

.