angsd-wrapper: verktyg för att analysera nästa generations sekvenseringsdata

Sekvensering med hög kapacitet har förändrat många aspekter av populationsgenetik, molekylär ekologi och relaterade områden, vilket påverkar både experimentell design och dataanalys. Programvarupaketet angsd gör det möjligt för användare att utföra ett antal populationsgenetiska analyser på sekvenseringsdata med höggenomströmning. angsd använder probabilistiska tillvägagångssätt som direkt kan använda sig av genotypsannolikheter; SNP-kallning krävs alltså inte för jämförande analyser. Detta drar nytta av alla sekvenseringsdata och ger mer exakta resultat för prover med lågt sekvenseringsdjup. Här presenterar vi angsd-wrapper, en uppsättning wrapper-skript som ger ett användarvänligt gränssnitt för att köra angsd och visualisera resultaten. angsd-wrapper stöder flera typer av analyser, inklusive uppskattningar av neutralitetstester för nukleotidsekvensdiversitet, huvudkomponentanalys, uppskattning av blandningsandelar för enskilda prover och beräkning av statistik som kvantifierar nyligen inträffad introgression. angsd-wrapper ger också interaktiv grafering av angsd-resultaten för att förbättra datautforskningen. Vi visar hur användbar angsd-wrapper är genom att analysera resekvenseringsdata från populationer av vilda och domesticerade Zea. angsd-wrapper är fritt tillgänglig från https://github.com/mojaveazure/angsd-wrapper.