Data ArtikelData för molekyldynamiska simuleringar av B-typ cytokrom c oxidas med kraftfältet Amber

Cytokrom c oxidas (CcO) är ett livsviktigt enzym som katalyserar reduktionen av molekylärt syre till vatten och som pumpar protoner genom mitokondrie- och bakteriemembranen. I denna artikel presenteras parametrar för kofaktorerna för CcO av ba3-typ som är kompatibla med de helt atomära kraftfälten Amber ff12SB och ff14SB. Specifikt utvecklades parametrar för CuA-paret, heme b och det tvåkärniga centret som består av heme a3 och CuB som är bryggade av en hydroperoxo-grupp. Uppgifterna omfattar geometrier i XYZ-koordinatformat för klustermodeller som användes för att beräkna protonöverföringsenergier och härleda bindningsparametrar och punktladdningar för kraftfältet med hjälp av täthetsfunktionell teori. Dessutom ingår de slutliga parameterfilerna som kan användas med programmet Amber leap för att generera inmatningsfiler för molekyldynamiska simuleringar med mjukvarupaketet Amber. Baserat på den högupplösta (1,8 Å) röntgenkristallstrukturen för CcO av ba3-typ från Thermus thermophilus (Protein Data Bank ID-nummer PDB: 3S8F) byggde vi en modell som är inbäddad i ett POPC lipidbilagermembran och solvatiserad med TIP3P vattenmolekyler och motjoner. Vi tillhandahåller PDB-datafiler för den ursprungliga modellen och den ekvilibrerade modellen som kan användas för vidare studier.