Affymetrix

CGS tilbyder profilering af hele transkriptet på Affymetrix Gene ST- og Clariom S-pladearrays. Arraysene fås i 24 eller 96-pladeformat til menneske-, muse-, rotte- og mange modeller. Følg dette link for at få flere oplysninger og en liste over de tilgængelige arrays.

Den store styrke ved disse arrays i forhold til andre arrays er deres design, der er baseret på en omhyggelig udvælgelse af prober, der er rettet mod karakteristiske exoner i stedet for blot den 3 prime ende af et gen. Dette overlegne array-design gør det muligt at måle genisoformer og giver dig derfor en mere præcis måling af genekspressionsniveauer på tværs af hele transkriptomet, herunder ikke-kodende RNA.

Protokol:

RNA-prøverne forstærkes ved hjælp af Genechip WT Plus-sættet fra Affymetrix. Kort fortalt konverteres RNA’et til cDNA og amplificeres ved hjælp af en blanding af primere til målretning af polyA- og ikke-polyA-mRNA’er, der genererer biotin-mærket cRNA. cRNA’et hybridiseres derefter til Gene ST-arrayet, farves og scannes ved hjælp af Genetitan.

Hvis kvantitet eller kvalitet er et problem, bruger vi GeneChip WT pico-sættet (Affymetrix). Dette er en metode til at amplificere total RNA fra så lidt som 100 pg.