Download BLAST-software og databaser Dokumentation

BLAST+ eksekverbare filer

Har du problemer med at køre BLAST-søgninger i store mængder? Har du proprietære sekvensdata at søge i, og kan du ikke bruge NCBI BLAST-webstedet? Har du adgang til din egen server? Har du din egen forskningspipeline? Har du sikkerheds- eller IP-problemer med at sende søgninger uden for din organisation? Hvis du har svaret ja til et af disse spørgsmål, skal du læse videre!

N NCBI tilbyder en pakke af kommandolinjeværktøjer til at køre BLAST kaldet BLAST+. Dette giver brugerne mulighed for at udføre BLAST-søgninger på deres egen server uden størrelses-, volumen- og databasebegrænsninger. BLAST+ kan bruges med en kommandolinje, så det kan integreres direkte i din arbejdsgang.

Hvad er de næste trin?

Download og installer BLAST+. Installationsprogrammer og kildekode findes på ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/. Download de databaser, du har brug for, (se afsnittet om databaser nedenfor), eller opret dine egne. Begynd at søge.

For yderligere oplysninger henvises til BLAST+-brugermanualen, BLAST-hjælpehåndbogen, BLAST-udgivelsesbemærkningerne og artiklen i BMC Bioinformatics (PubMed-link). Se vores versioneringspolitik.

BLAST+-suite er den pakke, der i øjeblikket understøttes. De ældre C toolkit eksekverbare filer understøttes ikke længere. Se vores versioneringspolitik.

Vi lytter altid og modtager gerne din feedback på BLAST Support Center.

Magic-BLAST

Magic-BLAST er et værktøj til kortlægning af store næste-generations RNA- eller DNA-sekventeringskørsler mod et helt genom eller transkriptom. Læs mere om Magic-BLAST på https://ncbi.github.io/magicblast.

Installeringsprogrammer og kildekode er tilgængelige fra ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast/LATEST.

IgBLAST

IgBLAST letter analysen af sekvenser af variable domæner af immunoglobulin- og T-cellereceptorer. For nærmere oplysninger henvises til dokumentationen på https://ncbi.github.io/igblast/ og artiklen i Nucleic Acids Research (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23671333).

Installeringsværktøjer og kildekode findes på ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/igblast/release/LATEST.

SRPRISM

SRPRISM er et kortlæsningsaligneringsværktøj, der arbejder med genomiske sekvenser og håndterer alternative loci. For yderligere oplysninger, se ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/srprism/README. En eksekverbar LINUX-fil findes under ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/srprism

Databaser

BLAST-databaser opdateres dagligt og kan downloades via FTP fraftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/.Database sæt kan hentes automatisk med update_blastdb.pl, som er en del af BLAST+-pakken.Der henvises til BLAST-databasedokumentationen for yderligere oplysninger.

The NCBI laver søgbare samlinger af positionsspecifikke scoringsmatricer, der kan bruges til følsomme proteinsøgninger og søgninger efter oversatte nukleotider. Disse er kendt som Conserved Domain Database og kan gennemsøges med de eksekverbare programmer RPSBLAST og RPSTBLASTN, der distribueres sammen med BLAST+-pakken. Den mest omfattende samling af CDD’er er tilgængelig på ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/little_endian/Cdd_NCBI_LE.tar.gz. Delmængder af den omfattende samling er tilgængelige på ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/little_endian/. Dokumentation om disse CDD-samlinger er tilgængelig på ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/README.