Fiehn Lab – SetupX og BinBase

Vi har udviklet et system, der kombinerer massespektrometriske og biologiske metadata for at nå dette mål. For det første gør SetupX-systemet det muligt at indtaste biologiske metadata til styring af laboratoriearbejdsgange ved at generere “klasser”, der afspejler eksperimentelle designs. Efter dataindsamling anvendes et relationelt databasesystem (BinBase) til automatiseret annotering af metabolitter.

Søg i BinBase efter forbindelser Dette er det vigtigste websted til at sammenligne massespektrer efter forbindelsesnavne, efter BinBase-identifikatorer eller endda efter dine GC/MS-spektrer, som du har erhvervet på en anden platform! Webstedet giver også en oversigt over positiv påvisning af metabolitter i de forskellige arter og organer, der er analyseret på UC Davis Genome Center (over 15 000 prøver af mere end 40 arter) Opsætning og annotation af metabolomiske eksperimenter Uvildige metabolomiske undersøgelser anvendes til fysiologiske, kliniske og genomiske undersøgelser for at udlede genotype-fænotype-relationer. Langsigtet genanvendelighed af metabolomiske data kræver både korrekte annotationer af metabolitter og konsistente biologiske klassifikationer. Vi har udviklet et system, der kombinerer massespektrometriske og biologiske metadata for at nå dette mål. En offentlig database over undersøgelsesdesign for metabolomiske projekter Metabolomiske databaser er ubrugelige uden en nøjagtig beskrivelse af det biologiske undersøgelsesdesign og ledsagende metadata, der rapporterer om laboratoriets arbejdsgang fra prøveforberedelse til databehandling. Her rapporterer vi om implementeringen af et databasesystem, der gør det muligt for forskere at beskrive og opstille et biologisk eksperiment i detaljer, og som også styrer laboratoriearbejdsgangene ved hjælp af direkte adgang til dataindsamlingsinstrumentet. En offentlig database over undersøgelsesdesign for metabolomiske projekter Metabolomiske databaser er ubrugelige uden en nøjagtig beskrivelse af det biologiske undersøgelsesdesign og ledsagende metadata, der rapporterer om laboratoriearbejdsgangen fra prøveforberedelse til databehandling. Her rapporterer vi om implementeringen af et databasesystem, der gør det muligt for forskere at beskrive og opstille et biologisk eksperiment, og som også styrer laboratoriearbejdsgangene ved hjælp af direkte adgang til dataindsamlingsinstrumentet. BinBase – funktioner, dokumentation og FAQ Dokumentation af funktioner, dokumentation og FAQ vedrørende BinBase Current Progress in computational metabolomics David S.Wishart skrev: “SetupX, udviklet af Fiehn-laboratoriet på UCD, er et fremragende eksempel på et webbaseret metabolomics-LIMS. Det er XML-kompatibelt og bygget op omkring en relationel databasestyringskerne. Det er især orienteret mod indsamling og visning af GC-MS metabolomiske data gennem sin metaboliske annotationsdatabase kaldet BinBase.” SetupX Poster Boston 2008 SetupX Poster vist på Boston Metabolomics Conference 2008 BinBase Download BinBase-databasesystemet download-link