Human BLAT Search

BLAT on DNA er designet til hurtigt at finde sekvenser med 95% og mere lighed med en længde på 25 baser eller mere. Den kan gå glip af mere divergerende eller kortere sekvenstilpasninger. Den finder perfekte sekvensoverensstemmelser på 20 baser.BLAT for proteiner finder sekvenser med en lighed på 80 % og derover med en længde på 20 aminosyrer eller mere. I praksis fungerer DNA BLAT godt på primater, og proteinBLAT på landhvirveldyr.

BLAT er ikke BLAST. DNA BLAT fungerer ved at holde et indeks over hele genomet i hukommelsen. Indekset består af alle overlappende 11-mere, der er trinvis fordelt på 5, undtagen dem, der er stærkt involveret i gentagelser. Indekset fylder ca. 2 gigabyte RAM. RAM kan reduceres yderligere til mindre end 1 GB ved at øge trinstørrelsen til 11. Selve genomet opbevares ikke i hukommelsen, hvilket gør det muligt forBLAT at levere høj ydeevne på en Linux-boks til en rimelig pris.Indekset bruges til at finde områder med sandsynlig homologi, som derefter lægges i hukommelsen med henblik på en detaljeret tilpasning. ProteinBLAT fungerer på samme måde, bortset fra 4-mers i stedet for 11-mers. Proteinindekset fylder lidt mere end 2 gigabyte.

BLAT er skrevet af Jim Kent.Som det meste af Jims software er interaktiv brug på denne webserver gratis for alle.Kilder og eksekverbare filer til at køre batchjobs på din egen server er tilgængelige gratis til akademiske, personlige og almennyttige formål. Ikke-eksklusive kommercielle licenser er også tilgængelige. Se Kent Informaticswebstedet for nærmere oplysninger.

For yderligere oplysninger om den grafiske version af BLAT kan du klikke på knappen Hjælp på menulinjen øverst i menulinjen eller se Genome Browser FAQ.