Method paperAlcanivorax borkumensis producerer en ekstracellulær siderophor under jernbegrænsede forhold, der opretholder kulbrinte-nedbrydningseffektiviteten – ScienceDirect Method papernedbrydningseffektivitet

Obligate marine hydrocarbonoclastiske bakterier har genetiske og fysiologiske egenskaber til at bruge kulbrinter som eneste kulstofkilde og til at konkurrere om optagelsen af næringsstoffer i normalt næringsfattige marine habitater. I dette arbejde har vi undersøgt de sideroforbaserede jernoptagssystemer i Alcanivorax borkumensis SK2 og deres funktion under bionedbrydning af et alifatisk kulbrinte, tetradecan, under jernbegrænsende forhold. AntiSMASH-analysen af SK2-genomet afslørede tilstedeværelsen af to forskellige formodede operoner af sideroforsyntesetaser. Søgning efter de forudsagte kernestrukturer viste, at den ene siderophor klart er tilknyttet familien af komplekse oligopeptidiske siderophorer med et Orn-Ser-Orn-carboxylmotiv, mens den anden sandsynligvis tilhører familien af SA (salicylsyre)-baserede siderophorer.

Analyse af supernatanten fra SK2-kulturen identificerede en ekstracellulær siderophor, og dens struktur blev opløst. Sammen med den for nylig beskrevne membranassocierede amfifile tetrapeptidiske siderophor amphibactin producerer stamme SK2 således også en ekstracellulær type jernchelaterende molekyle med strukturel lighed med pseudomoniner. En sammenlignende Q-PCR-analyse af sideroforsyntesetaser viste en betydelig opregulering af dem i jernfattigt medium. Der blev registreret forskellige ekspressionsmønstre for to operoner i den tidlige og sene eksponentielle vækstfase, hvilket tyder på en forskellig funktion af disse to siderophorer under jernfattige forhold.