Om definition, nomenklatur og klassificering af vandkanalproteiner (aquaporiner og beslægtede)

Et vandkanalprotein (WCP) eller en vandkanal kan defineres som et transmembranprotein, der har en specifik tredimensionel struktur med en pore, der giver mulighed for vandpermeation gennem biologiske membraner. Poren er dannet af to meget bevarede regioner i aminosyresekvensen, kaldet NPA-bokse (eller motiver) med tre aminosyrerester (asparagin-prolin-alanin, NPA) og flere omgivende aminosyrer. NPA-kasserne er blevet kaldt WCP’ernes “signatur”-sekvens. WCP’er er en familie af proteiner, der tilhører superfamilien Membrane Intrinsic Proteins (MIP’er). I MIP-superfamilien (med mere end 1000 medlemmer) findes der desuden også proteiner uden kanalaktivitet. WCP-familien omfatter tre underfamilier: aquaporiner, aquaglyceroporiner og S-aquaporiner. (1) Aquaporinerne (AQPs) er vandselektive eller specifikke vandkanaler, der af forskellige forfattere også kaldes “ortodokse”, “almindelige”, “konventionelle”, “klassiske”, “rene”, “normale” eller “sensu strictu” aquaporiner); (2) Aquaglyceroporinerne er permeable for vand, men også for andre små uladede molekyler, især glycerol; denne familie omfatter glycerol-facilitatorerne, forkortet GlpFs, fra glycerol-permease-facilitatorer. “Signatur”-sekvensen for akvaglyceroporiner er asparaginsyreresterne (D) i den anden NPA-boks. (3) Den tredje underfamilie af WCP’er har lidt konserverede aminosyresekvenser omkring NPA-boksene, der ikke kan klassificeres til de to første underfamilier. Jeg anbefaler, at man for denne underfamilie altid bruger navnet S-aquaporiner. De kaldes også “superaquaporiner”, “aquaporiner med usædvanlige (eller afvigende) NPA-bokse”, “subcellulære aquaporiner” eller “sip-lignende aquaporiner”. Jeg anbefaler også, at man altid bruger stavemåden aquaporin (ikke aquaporin) og for forskellige AQP’er forkortelsen AQP efterfulgt af nummeret (f.eks. AQP1), uden mellemrum eller – som kan skabe forvirring med “minus”.