Affymetrix

CGS tarjoaa kokotranskriptiprofiilien profilointia Affymetrix Gene ST- ja Clariom S -levymatriiseilla. Matriiseja on saatavana 24 tai 96 levyn muodossa ihmis-, hiiri-, rotta- ja lukuisille malleille. Seuraa tätä linkkiä saadaksesi lisätietoja ja luettelon saatavilla olevista matriiseista.

Tämän matriisin suuri vahvuus muihin verrattuna on se, että se on suunniteltu siten, että se perustuu huolelliseen koettimien valintaan, joka kohdistuu tyypillisiin eksoneihin eikä vain geenin 3 prime-päähän. Tämä ylivoimainen array-suunnittelu mahdollistaa geenin isoformien mittaamisen ja tarjoaa siten tarkemman mittauksen geenien ilmentymistasoista koko transkriptomista, mukaan lukien ei-koodaava RNA.

Protokolla:

RNA-näytteet monistetaan Affymetrixin Genechip WT Plus -kitillä. Lyhyesti sanottuna RNA muunnetaan cDNA:ksi ja monistetaan käyttämällä polyA:n ja ei-polyA:n mRNA:han kohdistuvien alukkeiden yhdistelmää, joka tuottaa biotiini-leimattua cRNA:ta. Tämän jälkeen cRNA hybridisoidaan Gene ST -matriisiin, värjätään ja skannataan Genetitanilla.

Jos määrä tai laatu on ongelma, käytämme GeneChip WT pico kittiä (Affymetrix). Tällä menetelmällä voidaan monistaa kokonais-RNA:ta vain 100 pg:sta.