Blastn vs. blastp

Blastn on itse asiassa melko huono työkalu proteiineja koodaavien sekvenssien löytämiseen. Tämä johtuu osittain kolmannen nukleotidin wobble-asemasta useimmissa koodoneissa. Useimpia aminohappoja voidaan koodata useilla koodoneilla, jotka eroavat toisistaan kolmannessa asemassa. Täysin samaa aminohapposekvenssiä voi siis koodata kaksi nukleotidisekvenssiä, jotka eroavat toisistaan joka kolmannessa kohdassa (koska kolmannessa kohdassa tapahtuvat mutaatiot eivät vaikuta tuloksena olevaan proteiiniin, tällaiset mutaatiot kerääntyvät tyypillisesti melko nopeasti). Koska aminohapposekvenssit ovat identtiset, blastp:llä ei olisi ongelmaa hakea toista sekvenssiä käyttämällä toista sekvenssiä kyselynä. Blastn käyttää kuitenkin oletuksena 11 nukleotidin sanakokoa. Tämä tarkoittaa, että molempien sekvenssien on täsmättävä vähintään 11 nukleotidin verran, jotta blastn voisi raportoida mitään osumaa. Yllä olevassa esimerkissä, kun sanakooksi asetettiin 6, parhaan osuman e-arvo oli 0,031. Tässä tapauksessa kysely- ja tietokantasekvenssien väliltä löytyi täydellinen 6 nukleotidin täsmääminen, mutta blastn ei pystynyt laajentamaan tätä kohdistusta kovin paljon, mikä selittää huonon e-arvon (usein tätä ei pidettäisi merkittävänä osumana).