Fiehn Lab – SetupX ja BinBase

Olemme kehittäneet järjestelmän, joka yhdistää massaspektrometriset ja biologiset metatiedot tämän tavoitteen saavuttamiseksi. SetupX-järjestelmä mahdollistaa ensinnäkin biologisten metatietojen syöttämisen laboratorion työnkulkujen ohjaamista varten luomalla ”luokkia”, jotka kuvastavat koeasetelmia. Tiedonkeruun jälkeen käytetään relaatiotietokantajärjestelmää (BinBase) metaboliittien automaattiseen merkitsemiseen.

Query BinBase for compounds This wss the main site to compare mass spectra by compound names, by BinBase identifiers or even by your GC/MS spectra that you have acquired on a different platform! Sivusto antaa myös yleiskatsauksen aineenvaihduntatuotteiden positiivisesta havaitsemisesta UC Davisin genomikeskuksessa analysoiduissa moninaisissa lajeissa ja elimissä (yli 15 000 näytettä yli 40 lajista) Metabolomikokeiden asettaminen ja merkintä Metabolomikokeiden puolueettomia metabolomitutkimuksia käytetään fysiologisissa, kliinisissä ja genomitutkimuksissa genotyypin ja fenotyypin välisten suhteiden päättelemiseksi. Metabolomitiedon pitkäaikainen uudelleenkäytettävyys edellyttää sekä oikeita metaboliittien annotaatioita että johdonmukaisia biologisia luokituksia. Olemme kehittäneet järjestelmän, joka yhdistää massaspektrometriset ja biologiset metatiedot tämän tavoitteen saavuttamiseksi. Metabolomiprojektien julkinen tutkimussuunnitelmatietokanta Metabolomitietokannat ovat hyödyttömiä ilman biologisen tutkimussuunnitelman tarkkaa kuvausta ja siihen liittyvää metatietoa, jossa raportoidaan laboratorion työnkulku näytteen valmistelusta tietojen käsittelyyn. Tässä raportoimme sellaisen tietokantajärjestelmän toteuttamisesta, jonka avulla tutkijat voivat eritellä ja laatia biologisen kokeen ja joka myös ohjaa laboratorion työnkulkuja käyttämällä suoraa pääsyä tiedonkeruulaitteeseen. Metabolomiprojektien julkinen tutkimussuunnitelmatietokanta Metabolomitietokannat ovat hyödyttömiä ilman biologisen tutkimussuunnitelman tarkkaa kuvausta ja siihen liittyvää metatietoa, jossa raportoidaan laboratorion työnkulku näytteen valmistelusta tietojen käsittelyyn. Tässä raportoimme sellaisen tietokantajärjestelmän toteuttamisesta, jonka avulla tutkijat voivat yksityiskohtaisesti määritellä ja laatia biologisen kokeen ja joka myös ohjaa laboratorion työnkulkuja käyttämällä suoraa pääsyä tiedonkeruulaitteeseen. BinBase – ominaisuudet, dokumentaatio ja usein kysytyt kysymykset Dokumentaatio BinBasea koskevista ominaisuuksista, dokumentaatiosta ja usein kysytyistä kysymyksistä Current Progress in computational metabolomics David S.Wishart kirjoitti: ”SetupX, jonka Fiehnin laboratorio UCD:ssä on kehittänyt, on erinomainen esimerkki verkkopohjaisesta metabolomiikan LIMS:stä. Se on XML-yhteensopiva ja rakennettu relaatiotietokannan hallinnan ytimen ympärille. Se on erityisesti suunnattu GC-MS-metabolomitiedon talteenottoon ja näyttämiseen BinBase-nimisen metabolisen annotaatiotietokannan avulla.” SetupX Poster Boston 2008 SetupX Poster shown at the Boston Metabolomics Conference 2008 BinBase Lataa BinBase-tietokantajärjestelmän latauslinkki.