Ihmisen BLAT-haku

BLAT on DNA on suunniteltu löytämään nopeasti sekvenssejä, joiden samankaltaisuus on 95 % tai suurempi ja joiden pituus on vähintään 25 emästä. Se saattaa jättää huomiotta poikkeavammat tai lyhyemmät sekvenssikohdistukset. Se löytää 20 emäksen täydelliset sekvenssiyhtäläisyydet.BLAT proteiineille löytää sekvenssejä, joiden samankaltaisuus on 80 % tai suurempi ja pituus 20 aminohappoa tai enemmän. Käytännössä DNA BLAT toimii hyvin kädellisillä ja proteiiniBLAT maalla elävillä selkärankaisilla.

BLAT ei ole BLAST. DNA BLAT toimii pitämällä koko genomin indeksin muistissa. Indeksi koostuu kaikista päällekkäisistä 11-mereistä, jotka astuvat 5:llä, lukuun ottamatta niitä, jotka ovat vahvasti mukana toistoissa. Indeksi vie noin 2 gigatavua RAM-muistia. RAM-muistia voidaan edelleen pienentää alle 1 gigatavuun kasvattamalla askelkoko 11:een.Itse genomia ei pidetä muistissa, minkä ansiostaBLATin suorituskyky on suuri kohtuuhintaisella Linux-laitteistolla.Indeksin avulla etsitään todennäköisen homologian alueita, jotka sitten ladataan muistiin yksityiskohtaista kohdistusta varten. Proteiinien BLAT toimii samalla tavalla, paitsi että se käyttää 4-merkkisiä eikä 11-merkkisiä molekyylejä. Proteiini-indeksi vie hieman yli 2 gigatavua.

BLATin on kirjoittanut Jim Kent.Kuten suurin osa Jimin ohjelmistoista, vuorovaikutteinen käyttö tällä web-palvelimella on ilmaista kaikille.Lähteet ja suoritettavat tiedostot, joilla voit suorittaa eräajotehtäviä omalla palvelimellasi, ovat saatavilla ilmaiseksi akateemisiin, henkilökohtaisiin ja voittoa tavoittelemattomiin tarkoituksiin. Myös ei-yksinomaisia kaupallisia lisenssejä on saatavilla. Katso lisätietoja Kent Informaticsin verkkosivuilta.

Lisätietoja BLATin graafisesta versiosta saat napsauttamalla ylävalikkopalkin Help-painiketta tai Genome Browser FAQ:sta.