Lataa BLAST-ohjelmistot ja tietokannat Dokumentaatio

BLAST+ executables

Onko sinulla vaikeuksia suorittaa suuria BLAST-hakuja? Onko sinulla omia sekvenssidatoja, joita haluat hakea, etkä voi käyttää NCBI:n BLAST-verkkosivustoa? Onko sinulla pääsy omalle palvelimelle? Onko sinulla oma tutkimusputkesi? Onko sinulla turvallisuus- tai IP-huolia hakujen lähettämisestä organisaatiosi ulkopuolelle? Jos vastasit kyllä johonkin näistä kysymyksistä, lue eteenpäin!

NCBI tarjoaa BLASTin suorittamiseen komentorivityökalusarjan nimeltä BLAST+. Sen avulla käyttäjät voivat tehdä BLAST-hakuja omalla palvelimellaan ilman koko-, tilavuus- ja tietokantarajoituksia. BLAST+:a voidaan käyttää komentorivillä, joten se voidaan integroida suoraan työnkulkuun.

Mitä ovat seuraavat vaiheet?

Lataa ja asenna BLAST+. Asennusohjelmat ja lähdekoodi ovat saatavilla osoitteesta ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/. Lataa tarvitsemasi tietokannat (ks. tietokantaosio alla) tai luo omat tietokantasi. Aloita haku.

Lisätietoja on BLAST+:n käyttöoppaassa, BLAST Help -oppaassa, BLASTin julkaisutiedotteissa ja BMC Bioinformatics -lehden artikkelissa (PubMed-linkki). Katso versiointikäytäntömme.

BLAST+-paketti on tällä hetkellä tuettu paketti. Vanhempia C-työkalupaketin suoritusohjelmia ei enää tueta. Katso versiointikäytäntömme.

Kuuntelemme aina ja toivotamme palautteesi tervetulleeksi BLAST-tukikeskukseen.

Magic-BLAST

Magic-BLAST on työkalu suurten seuraavan sukupolven RNA- tai DNA-sekvensointijaksojen kartoittamiseen koko genomia tai transkriptomia vastaan. Lue lisää Magic-BLASTista osoitteessa https://ncbi.github.io/magicblast.

Asennusohjelmat ja lähdekoodi ovat saatavilla osoitteesta ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast/LATEST.

IgBLAST

IgBLAST helpottaa immunoglobuliinien ja T-solureseptorien muuttuvien domeenisekvenssien analysointia. Lisätietoja on dokumentaatiossa osoitteessa https://ncbi.github.io/igblast/ ja Nucleic Acids Research -lehdessä julkaistussa artikkelissa (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23671333).

Asennusohjelmat ja lähdekoodi ovat saatavissa osoitteesta ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/igblast/release/LATEST.

SRPRISM

SRPRISM on lyhyiden lukujen kohdistustyökalu, joka työskentelee genomisekvenssien kanssa ja käsittelee vaihtoehtoisia lokuksia. Lisätietoja on osoitteessa ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/srprism/README. LINUX-käyttöjärjestelmä on saatavilla osoitteessa ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/srprism

Tietokannat

BLAST-tietokannat päivitetään päivittäin, ja ne voidaan ladata FTP:n kautta osoitteestaftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/.Database. Tietokannat voidaan hakea automaattisesti päivitysohjelmalla update_blastdb.pl, joka on osa BLAST+-pakettia.Tarkempia tietoja on BLAST-tietokantadokumentaatiossa.

NCBI:stä löytyy hakukelpoisia kokoelmia sijaintikohtaisista scoring-matriiseista, joita voidaan käyttää herkkiin valkuaisaineisiin kohdistuviin ja käännetyille nukleotiditapahtumille kohdistuviin hakuihin. Näitä kutsutaan Conserved Domain Database -tietokannaksi, ja niitä voidaan hakea BLAST+-paketin mukana jaetuilla RPSBLAST- ja RPSTBLASTN-ohjelmilla. Kattavin CDD-kokoelma on saatavilla osoitteessa ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/little_endian/Cdd_NCBI_LE.tar.gz. Kattavan kokoelman osajoukot ovat saatavilla osoitteessa ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/little_endian/. Näiden CDD-kokoelmien dokumentaatio on saatavilla osoitteessa ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/README.

.