Luonnollinen antisense-transkriptio vertailevasta näkökulmasta☆

Luonnolliset antisense-transkriptit (NAT) voivat häiritä komplementaaristen sense-transkriptien ilmentymistä hienolla spesifisyydellä. Olemme aiemmin kloonanneet kalan ja hiiren Slc34a-lokusten (jotka koodaavat Na-fosfaattikuljettajia) NATeja. Tässä raportoimme ihmisen SLC34A1:een liittyvän NAT:n kloonauksen, joka edustaa vaihtoehtoisesti splikoitua PFN3-transkriptiä (Profilin3). Transkriptio ilmentyy pääasiassa kiveksissä. Fylogeneettinen vertailu viittaa kahteen eri mekanismiin, jotka tuottavat Slc34a-aiheisia NATeja: Proteiinia koodaavan myöhemmän geenin transkriptin vaihtoehtoinen splikointi (Pfn3, ihminen/hiiri) ja transkriptio kaksisuuntaisesta promoottorista (Rbpja, seeprakala). Ekspressioanalyysi viittaa komplementaaristen Slc34a-mRNA:iden riippumattomaan säätelyyn. Satunnaisesti valittujen kaksisuuntaisesti transkriboitujen ihmisen/hiiren lokusten analyysi paljasti rajoitetun fylogeneettisen säilymisen ja NAT:ien riippumattoman säätelyn. Ne olivat vähentyneet X-kromosomeissa ja klusteroituneet alueille, jotka välttyvät inaktivoitumiselta. Paikan rakenne ja ilmentymismalli viittaavat NAT:iin liittyviin säätelymekanismeihin kiveksissä, jotka eivät liity aistitranskriptin koodaaman proteiinin fysiologiseen rooliin.