Musta bengalivuohi

Maailman parhaan ja ainoan bangladeshilaisen mustan bengalivuohirodun elämän mysteeri on paljastunut Chittagongin eläinlääketieteellisen ja eläintieteellisen yliopiston (CVASU) eläinlääketieteellisen tiedekunnan patologian ja loislääketieteen laitoksen professorin, tohtori AMAM Zonaed Siddikin johtaman genomitutkimusryhmän suorittaman koko genomin sekvensoinnin avulla. Black Bengal Goat -vuohen genomianalyysi on osoittanut, että sen genomin koko on noin 3,04 gigatavua, josta noin 31,85 prosenttia on toistoja. Vaikka ennustetaan, että 29 kromosomissa on 26 458 geeniä, vain 12 589 geenin geenirakenteen annotointi on tehty. Lisäksi 8173 geenistä löytyi vähintään yksi ontologiatermi. Tällä hetkellä yksi hankkeen tutkimusjulkaisuista on hyväksytty ja julkaistu maineikkaassa tieteellisessä BMC-lehdessä Springer Nature -yhtiön alaisuudessa. Toinen osa tutkimuksesta on julkaistu Taylor and Francis Groupin Mitochondrial DNA Part B -julkaisussa sen lisäksi, että NCBI on tunnustanut kaikki tiedot. Lisäksi tutkimuksen edetessä sen tiivistelmä esiteltiin ensimmäistä kertaa Nanjingin maatalousyliopiston järjestämässä ”The 2nd World Conference on Sheep” -konferenssissa. Hankkeen menestyksekästä toteuttamista varten kaikki ryhmän jäsenet koulutettiin asianmukaisesti. Yksi ryhmän jäsenistä, Masum Billah, lähetettiin jatkokoulutusta varten professori Yu Jiangin Big Data -laboratorioon Kiinan Luoteis-A&F-yliopistoon ja toinen jäsen, Kazi Shawrob, lähetettiin Intian Mizoramin yliopistoon. Ryhmän muut jäsenet olivat Mahadia Kumkum, Mohammad Atique Ul Alam, Sourav Saha Pritthi, Montaha Chowdhury, Mehedi Hasan Rumi ja Md. Sirajul Islam.

Tietojen analysointia varten CVASU:hun asennettiin 128 gigatavun RAM-muistilla varustettu nopea tietokone ja käytettiin Bangladeshin University Grants Commissionin palvelinta. Suurin osa tutkimuksesta tehtiin Bangladeshissa, mutta joihinkin osiin tarvittiin erittäin kehittynyttä palvelinta, jonka tohtori Abdul Baten Southern Crossin yliopistosta suoritti Australiassa.

Hilsan ja juutin koko genomin sekvensointi on tehty Bangladeshissa jo aiemmin, mutta mustan bengalinvuohen genomin koko on suurin. Genomi on organismin sisältämien geenien tai geeniperimän kokonaisuus, joka on välttämätön syntymiselle, elämälle ja lisääntymiselle. Geeneissä on kaikki organismin tiedot, kuten miten se on syntynyt ja kehittynyt, mitkä ovat sen ominaisuudet, miten se kasvaa ja miten se suojautuu epäsuotuisissa tilanteissa. Prosessia, jossa kaikki nämä tiedot saadaan geeneistä, kutsutaan genomin sekvensoinniksi. Genomin sekvensointi kertoo niiden geenien tarkan sijainnin ja toiminnan, jotka ovat välttämättömiä erilaisille fysiologisille toiminnoille organismin syntymästä kuolemaan.