Vesikanavaproteiinien (akvaporiinien ja sukulaisten) määritelmästä, nimikkeistöstä ja luokittelusta

Vesikanavaproteiini (WCP, water channel protein) tai vesikanava (water channel, water channel) voidaan määritellä transmembraaniproteiiniksi, jolla on spesifinen kolmiulotteinen rakenne, jossa on huokos ja jossa on väylä veden läpäisylle biologisten membraanien läpi. Huokos muodostuu aminohapposekvenssin kahdesta erittäin konservoituneesta alueesta, joita kutsutaan NPA-laatikoiksi (tai motiiveiksi) ja joissa on kolme aminohappojäännöstä (asparagiini-proliini-alaniini, NPA) ja useita ympäröiviä aminohappoja. NPA-laatikoita on kutsuttu WCP:iden ”tunnussekvenssiksi”. WCP:t ovat proteiiniperhe, joka kuuluu Membrane Intrinsic Proteins (MIPs) -superperheeseen. Lisäksi MIP-superperheeseen (johon kuuluu yli 1000 jäsentä) kuuluu myös proteiineja, joilla ei ole kanava-aktiivisuutta. WCP-perheeseen kuuluu kolme alaperhettä: akvaporiinit, akvaglyseroporiineja ja S-akvaporiinit. (1) Akvaporiinit (AQP:t) ovat vesiselektiivisiä tai spesifisiä vesikanavia, joita eri kirjoittajat ovat nimittäneet myös ”ortodoksisiksi”, ”tavallisiksi”, ”tavanomaisiksi”, ”konventionaalisiksi”, ”klassisiksi”, ”puhtaiksi”, ”normaaleiksi” tai ”sensu strictu” akvaporiineiksi); (2) Akvaglyseroporiineja läpäisevät veden lisäksi myös muita pieniä varauksettomia molekyylejä, erityisesti glyserolia; tähän perheeseen kuuluvat myös glyserolifasilitaattorit, jotka tunnetaan nimellä Glycerol Permease Facilitators, josta on käytetty nimitystä Glycerol Permease Facilitators. Akvaglyseroporiineille tunnusomainen sekvenssi on asparagiinihappojäännös (D) toisessa NPA-laatikossa. (3) WCP:iden kolmannessa alaperheessä on vähän konservoituneita aminohapposekvenssejä NPA-laatikoiden ympärillä, joita ei voida luokitella kahteen ensimmäiseen alaperheeseen. Suosittelen käyttämään tästä alaryhmästä aina nimeä S-aquaporiinit. Niitä kutsutaan myös nimillä ”superaquaporiinit”, ”akvaporiinit, joilla on epätavalliset (tai poikkeavat) NPA-laatikot”, ”subcellular aquaporins” tai ”sip-like aquaporins”. Suosittelen myös käyttämään aina kirjoitusasua aquaporin (ei aquaporine) ja eri AQP:istä lyhennettä AQP, jota seuraa välittömästi numero (esim. AQP1), ilman välilyöntiä tai – joka saattaa aiheuttaa sekaannuksia ”miinuksen” kanssa.