A pesquisa BLAT humana

BLAT no ADN foi concebida para encontrar rapidamente sequências de 95% e maior semelhança de comprimento 25 bases ou mais. Pode falhar alinhamentos sequenciais mais divergentes ou mais curtos. BLAT sobre proteínas encontra sequências de 80% e maior similaridade de comprimento de 20 aminoácidos ou mais. Na prática o DNA BLAT funciona bem em primatas, e o proteinBLAT em vertebrados terrestres.

BLAT não é BLAST. O ADN BLAT funciona mantendo um índice de toda a memória do genoma. O índice consiste em todas as sobreposições de 11 homens por 5, com exceção das sobreposições fortemente envolvidas em repetições. O índice ocupa cerca de 2 gigabytes de RAM. A RAM pode ser ainda mais reduzida para menos de 1 GB, aumentando o tamanho do passo para 11. O genoma em si não é mantido na memória, permitindo aoBLAT fornecer um alto desempenho em uma caixa Linux de preço razoável. A proteína BLAT funciona de forma semelhante, exceto com 4 homens em vez de 11 homens. O índice de proteína leva um pouco mais de 2 gigabytes.

BLAT foi escrito por Jim Kent. Como a maioria dos softwares de Jim, o uso interativo neste servidor web é gratuito para todas as fontes e executáveis para executar trabalhos em lote em seu próprio servidor estão disponíveis gratuitamente para fins acadêmicos, pessoais e sem fins lucrativos. Licenças comerciais não exclusivas também estão disponíveis. Veja o site da Kent Informaticsweb para mais detalhes.

Para mais informações sobre a versão gráfica do BLAT, clique no botão Ajuda na barra de menu superior ou veja a FAQ do Genome Browser.