Affymetrix

CGS oferece um perfil completo na matriz de placas Affymetrix Gene ST e Clariom S. As matrizes vêm em 24 ou 96 placas no formato Humano, Rato, Rato e numerosos modelos. Por favor siga este link para mais informações e lista das matrizes disponíveis.

A grande força dessas matrizes sobre as outras é o seu design baseado em uma cuidadosa seleção de sondas visando exons característicos ao invés de apenas a 3 extremidade principal de um gene. Este desenho superior do array permite a medição de isoformas genéticas e portanto fornece uma medição mais precisa dos níveis de expressão gênica em todo o transcriptoma incluindo RNA não codificado.

Protocolo:

As amostras de RNA são amplificadas usando o kit Genechip WT Plus da Affymetrix. Resumidamente, o RNA é convertido em cDNA, e amplificado usando uma mistura de primers para mRNAs poli-A e não poli-A gerando cRNA marcado com biotina. O cRNA é então hibridizado para o array Gene ST, corado e escaneado usando o Genetitan.

Se a quantidade ou qualidade for um problema, usamos o GeneChip WT pico kit (Affymetrix). Este é um método para amplificar o RNA total a partir de apenas 100 pg.