Fiehn Lab – SetupX e BinBase
Desenvolvemos um sistema que combina metadados espectométricos e biológicos de massa para atingir este objetivo. Primeiro, o sistema SetupX permite a entrada de metadados biológicos para orientar os fluxos de trabalho do laboratório, gerando ‘classes’ que refletem os desenhos experimentais. Após a aquisição de dados, um sistema de banco de dados relacional (BinBase) é empregado para a anotação automatizada de metabolitos.
Query BinBase para compostos Este é o site principal para comparar espectros de massa por nomes de compostos, por identificadores BinBase ou mesmo por seus espectros GC/MS que você adquiriu em uma plataforma diferente! O site também dá uma visão geral sobre a detecção positiva de metabólitos nos diversos conjuntos de espécies e órgãos analisados no Centro de Genoma UC Davis (mais de 15.000 amostras de mais de 40 espécies) Configuração e Anotação de Experimentos Metabolômicos Pesquisas metabólicas imparciais são usadas para estudos fisiológicos, clínicos e genômicos para inferir relações genótipo-fenótipo. A reusabilidade a longo prazo dos dados metabolómicos necessita tanto de anotações metabólicas correctas como de classificações biológicas consistentes. Desenvolvemos um sistema que combina metadados de massa espectroscópicos e biológicos para alcançar este objectivo. Uma Base de Dados Pública de Desenho de Estudos para Projectos Metabolómicos As bases de dados metabolómicos são inúteis sem uma descrição precisa do desenho do estudo biológico e dos metadados que o acompanham, desde a preparação da amostra até ao processamento dos dados. Aqui relatamos a implementação de um sistema de banco de dados que permite aos investigadores detalhar e configurar um experimento biológico, e que também orienta os fluxos de trabalho do laboratório através do acesso direto ao instrumento de aquisição de dados. Uma Base de Dados Pública de Desenho de Estudos para Projectos Metabolómicos As bases de dados metabolómicos são inúteis sem uma descrição precisa do desenho do estudo biológico e dos relatórios de metadados que o acompanham no fluxo de trabalho do laboratório desde a preparação da amostra até ao processamento dos dados. Aqui relatamos a implementação de um sistema de banco de dados que permite aos investigadores detalhar e configurar um experimento biológico, e que também orienta os fluxos de trabalho do laboratório através do acesso direto ao instrumento de aquisição de dados. BinBase – características, documentação e FAQ Documentação das características, documentação e FAQ sobre o BinBase Current Progress in computational metabolomics David S.Wishart escreveu: “SetupX, desenvolvido pelo laboratório Fiehn na UCD, é um excelente exemplo de um LIMS de metabolômicos baseado na web. Ele é compatível com XML e construído em torno de um núcleo de gerenciamento de banco de dados relacional. Ele é particularmente orientado para a captura e exibição de dados metabólicos do GC-MS através de sua base de dados de anotação metabólica chamada BinBase”. SetupX Poster Boston 2008 SetupX Poster mostrado no Boston Metabolomics Conference 2008 BinBase Faça o download do link para download do sistema de banco de dados BinBase