Affymetrix

CGS erbjuder profilering av hela transkript på Affymetrix Gene ST och Clariom S plattor. Arraysen finns i 24 eller 96 plattformat för människa, mus, råtta och många modeller. Följ den här länken för mer information och en förteckning över tillgängliga arrayer.

Den stora styrkan hos dessa arrayer jämfört med andra arrayer är deras utformning som bygger på ett noggrant urval av prober som är inriktade på karakteristiska exoner snarare än bara genens 3 primära ände. Denna överlägsna design gör det möjligt att mäta genisoformer och ger dig därför en mer exakt mätning av genuttrycksnivåer över hela transkriptomet, inklusive icke-kodande RNA.

Protokoll:

RNA-proverna amplifieras med hjälp av Genechip WT Plus-kitet från Affymetrix. Kortfattat omvandlas RNA:t till cDNA och amplifieras med hjälp av en blandning av primers som riktar sig mot polyA- och icke-polyA-mRNA:t och genererar biotinmärkt cRNA. cRNA:t hybridiseras sedan till Gene ST-arrayen, färgas och skannas med hjälp av Genetitan.

Om kvantitet eller kvalitet är ett problem använder vi GeneChip WT pico-kitet (Affymetrix). Detta är en metod för att amplifiera totalt RNA från så lite som 100 pg.