Arabinogalaktan
Den reducerande änden av mikrobiellt arabinogalaktan består av den terminala sekvensen →5)-D-Galf-(1→4)-L-Rhap-(1→3)-D-GlcNAc. En muramyl-6-P finns också inom peptidoglykanens funktionella grupp. Mykolylarabinogalaktan från mykobakterier är fäst vid peptidoglykanen genom den aktinomycetspecifika diglykosylfosforylbryggan, L-Rhap-(1→3)-D-GlcNAc-(1→P).
Arabinogalaktan innehåller en galaktankedja, med omväxlande 5-länkade β-D-galaktofuranosyl (Galf) och 6-länkade β-D-Galf-rester. Arabinankedjorna är knutna till C-5 i några av de 6-länkade Galf-resterna. Det finns tre huvudsakliga strukturella domäner för arabinan. Den första är en domän som består av linjära 5-bundna α-D-Araf-rester. Den andra är en domän med förgrenade 3,5-länkade α-D-Araf-rester som är substituerade med 5-länkade α-D-Araf-enheter i båda förgrenade positioner, och den tredje är En terminal icke-reducerande domän för ändar av arabinan som består av en 3,5-länkad α-D-Araf-rester som i båda förgrenade positioner är substituerad med disackariden β-D Araf-(1→2)- α-D-Araf. Dessa tre arabinankedjor är knutna till galaktan vid resterna 8, 10 och 12.
Den icke-reducerande änden av arabinogalaktan är kovalent knuten till mykolsyrorna i det yttre membranet. Mykolsyrornas hydrofobicitet utgör ett hinder för läkemedelsinträde. Dessutom är mykolyl arabinogalaktanpeptidoglykanen ansvarig för vissa aspekter av sjukdomspatogenesen och en stor del av antikroppssvaret vid infektioner. Mykolylsubstituenterna är selektivt och jämnt fördelade på 5-hydroxylfunktionerna hos terminal- och de näst sista 2-bundna arafresterna. Mykolylresterna är grupperade i grupper om fyra på den icke-reducerande terminala pentaarabinosylenheten (β-Araf-(1→2)-α-Araf)2-3,5-α-Araf . Således är majoriteten (66 %) av pentaarabinosylenheterna substituerade av mykolsyra, vilket gör att minoriteten (33 %) är tillgänglig för interaktion med immunsystemet.
Omkring en av de tre arabinosylkedjorna som är knutna till galaktankedjan innehåller succinylgrupper. Även om en succinylgrupp är vanligast, kan upp till tre succinylgrupper per frigjort arabinanfragment hittas på oligo-arabinaner. Arabinanfragment som är substituerade med GalNH2 är dock inte succinylerade. Det är viktigt att i fallet M. tuberculosis, och sannolikt i alla långsamt växande organismer, finns både positiv laddning (protonerat GalNH2 som GalNH3+) och negativ laddning (succinyl) i arabinanens mittregioner, särskilt vid O-2 i de inre 3,5-α-D-Araf-enheterna. Succinylresterna finns på den icke-mykolylerade kedjan. Nyligen har en fullständig primärmodell för arabinogalaktan föreslagits.